建设工程施工合同案件审判是一个高度专业化的领域，既需要工程的专业知识，也需要法律的专业判断，应将法律判断和专业判断有机结合起来。
一是合理认定黑白合同。《建设工程司法解释》第21条规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的依据。对实质性内容不一致的判断要以工程实践为依据，以法律合理性判断为准则，主要包括工程价款、计价方式、施工工期、质量标准等的变更。对于因设计变更、规划调整、工程量的大幅缩减等原因，承发包双方以补充协议、会谈纪要、往来函件、签证等书面形式，变更工期、工程价款、工程项目性质等的，不应认定为《招标投标法》第46条规定的“招标人与中标人再行订立背离合同实质性内容的其他协议”。
二是合理运用工程鉴定。鉴定是审理建设工程施工合同案件比较重要但却非常繁琐的工作，对于案件处理结果具有实质性的影响。承办法官、合议庭对鉴定应当掌握主动权，全程跟踪和参与鉴定的全过程，加强与鉴定机构、鉴定人员的沟通交流，及时解决鉴定中的各种问题。在工程造价鉴定启动前，承办法官、合议庭应当对鉴定有明确清晰的思路。在结算方式有约定，但当事人对约定的结算方式理解上有争议时，承办法官、合议庭应审查按何种理解进行认定，在此基础上与鉴定人沟通，确定鉴定范围、鉴定原则、鉴定方法后方可启动委托鉴定程序。当事人对工程造价鉴定按约定结算还是按实结算存在争议时，承办法官、合议庭应首先确定工程造价的结算方法后方可启动鉴定。
三是灵活运用专家辅助人。《民事诉讼法》第79条规定，当事人可以申请人民法院通知有专门知识的人出庭，就鉴定人作出的鉴定意见或者专业问题提出意见。该条确立了专家辅助人制度，该制度在建设工程领域显得更为必要。对于建设工程的专业知识，除当事人申请外，法院可以就专业问题咨询相关专家的意见，以保证裁判的技术妥当性。
