对正在建设的违法建筑，负有查处职责的行政主管部门责令当事人停止违法行为，限期自行消除在建违法建筑后，当事人逾期未消除的，即可采取以下三种措施：
一是依法停止供水、供电、供气服务；
二是查封施工现场；
三是强行制止直至消除在建违法建筑，消除的在建违法建筑可以包括责令停工前的在建违法建筑。
１、不论多长时间违章建筑都不能成为合法的，都会被强拆。
２、违章建筑查报人员遇有违反建筑法规之新建、增建、改建、修建情事时，应立即报告主管建筑机关处理，并执行主管建筑机关指定办理之事项主管建筑机关因查报、检举或其他情事知有违章建筑情事而在施工中者，应立即勒令停工。 违章建筑查报及拆除人员，于执行职务时，应佩带由直辖市、县（市）政府核发之识别证；拆除人员并应携带拆除文件。
３、直辖市、县（市）主管建筑机关，应于接到违章建筑查报人员报告之日起五日内实施勘查，认定必须拆除者，应即拆除之。认定尚未构成拆除要件者，通知违建人于收到通知后三十日内，依建筑法第三十条之规定补行申请执照。违建人之申请执照不合规定或逾期未补办申领执照手续者，直辖市、县（市）主管建筑机关应拆除之。
可以通过向法院起诉要求还款，法院会依法做出判决。
法律依据：
《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条规定：“未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。”
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第二条规定：“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。”
以上就是关于违章建筑涉及工程款如何处理的相关法律知识。就算是建造违章建筑，施工方也能够依法获得工程款，不能够因为是违章建筑施工方就没有资格获取工程款的，必须要清楚有关规定。如果您还有其他问题，可以通过找法网找律师进行咨询指导。
