根据我国《民事诉讼法》第三条的相关规定，人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。所以，恶意拖欠工程款，属于民事纠纷，不是刑事案件。
这种违约纠纷的特点是，工程款是可以确定的，故这种纠纷法律比较简单。这类纠纷形成的主要原因发包方没有任何正当理由违约拖欠，主要表现为的发包方无力支付工程款;发包方有支付能力无故拖欠工程款。
这种纠纷法律关系较为复杂。这种纠纷主要表现为承包方分包在程序上有瑕疵，发包方事后不予承认分包合同的合法性，从而引起的纠纷。
这种纠纷主要表现为：承包方制作结算文件递交发包方，未取得递交结算文件的证据，发包方不予答复且事后不承认收到;承包方制作结算文件递交发包方，发包方不予答复;承包方制作结算文件递交发包方，发包方不予认可而引发的工程款结算纠纷。
这种表现纠纷主要表现为：建设工程招投标时对工程主要建筑材料品质有所要求或承诺，但由于建筑材料市场供求关系的影响，有时使得承包方转而采用合同外的其他建材，引起结算纠纷。
该类纠纷主要表现为建设工程竣工后出现维修事项，承包人在保修期内履行了维修义务但无法直接取得证据，发包方事后不予承认维修事实以承包方未尽保修义务为由拒不支付工程款引发了纠纷。
合同瑕疵引发的工程款纠纷主要表现为：承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的、没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的建设工程施工合同引发合同无效纠纷。
这类纠纷较为复杂。纠纷主要表现为发包方未能提供合格的施工进场条件、中途擅改设计、未按工程进度支付进度款、建设工程材料不能及时供应从而造成停工、窝工、恶劣天气等原因承包方要求顺延工期未经有效确认，工程竣工后在结算方面发包方要求承包方承担工期延误责任，往往使案件变得较为复杂。
随着市场竞争的日趋激烈，一些承包企业很难揽到工程，所以对工程项目格外珍惜，这容易形成一种志在必得的心理，这种心里促使对合作伙伴诚信度考察的忽视，则往往落得干了活拿不到钱的结局。慎重选择合作伙伴是非常重要的，合作伙伴的资信能力对承包企业的权利实现是至关重要的，故必须对合作伙伴的情况要有所了解，主要包括合作伙伴的股东构成，企业信誉如何，有无违约记录，对外负债，主要固定资产现状如何，项目资金的来源、到位及监管情况等等。
有些建设工程项目未经有关部门审批或者建设方的建设意图超越审批范围，如果承包方不问青红皂白匆忙承建此工程很可能陷于困境，为以后索要工程款造成障碍。例如，规划部门规划建五层，而发包方却想建到五层以上，这样，如果承包方按发包方意图建设，建设过程中很可能遭到规划部门勒令停工，承包方势必进入僵局。再如，规划部门规划建五层，这样，如果承包方按发包方意图把楼建设到五层以上，事后，该工程被城建规划部门勒令拆除，承包方主张五层以上部分的工程款就有了难度。
合同是承包方实现权利的最重要的凭证，合同是否规范、表达是否准确、严密、详细对承包人来讲十分关键。有的人常常认为施工合同都是格式文本，没有什么可以发挥的。其实，这种认识是不正确的，建设部推荐的格式文本是为了双方订立合同方便、规范，但格式合同里是很多可以选择的条款，并且有些是空白条款待当事人根据自己的具体情况填写。签订合同时一定要特别注意把工程款的支付方式、支付期限及违约责任约定清楚。
相当一部分工程款纠纷的承包方由于手续不完善，无法取得证据，给对方可乘之机。这种情况下处理纠纷就很被动。故施工过程中，手续一定要完备。比如，工程图纸设计的更改、选材的变更、施工项目的增加等变签单一定要有对方施工代表、监理的签字。
由上可知，工程款纠纷诉讼时效是两年，中途是可以中断的，小编要告诉大家，索要工程款一定要在两年之内向法院提起诉讼，否则一旦超过了两年的诉讼时效，当事人是很可能面临败诉结果的。以上就是找法网小编的解答，要是你还想要知道更多，可以登陆找法网咨询在线律师。
