现存立法缺陷主要是立法不明确造成实践中的困惑。玩忽职守罪的主体是国家机关工作人员。但是对于这一概念刑法却没有做明确的规定，使得实践中对主体的认定比较混乱，直接影响着罪与非罪、此罪与彼罪的区分。如中国共产党、政协机关工作人员的是否可以认定为国家工作机关人员，法律应该有明确规定，继而其他党派的的工作人员又是否可以认定未国家工作人员呢，又是一个应该进一步探讨的问题。另外，在我国体制改革正在进行的现在，还是有存在“两块牌子、一套班子”的单位，这类单位的工作人员人否可以认定为国家机关工作人员呢。
关于玩忽职守罪的主体的立法完善现在主要有三种观点。第一种观点主张保持刑法关于国家机关工作人员的规定不变，严格限定为在五大国家机关中从事公务的人员，以突出打击重点，维护国家机关的清正廉洁。第二种观点主张将国家机关工作人员修改为“公务人员”，即从事国家事务、公共事务和社会事务等公务管理的人员。第三种观点主张将国家机关工作人员修改为“国家工作人员”。笔者认为，正是由于现有刑法关于国家机关工作认定的规定出现了不适应现实的情形，才需要完善，因此，认为保持原有规定不变的观点是不可取的;而第三种观点扩大了主体，有打击面过大之嫌。第二种观点将玩忽职守罪的主体修改为“公务人员”是对主体描述的完善，而不是任意的扩大和缩小，具有准确性和概括性特点。我国现有的理论将其主体的理念已定位为“从事公务”，将主体定位为“公务人员”的趋势也日益明显。
基于前述，玩忽职守罪的主观构成要件还存在学术之争，在法律上明文规定罪过形式，以反映犯罪主体对所实施的犯罪的不同心理态度，对确定主体的个人责任也极为重要。将故意犯罪(滥用职权罪)和过失犯罪(玩忽职守罪)合并规定，规定相同的刑罚档次，这种立法方式在世界范围内都是极为少见的。虽然侦查机关可以通过立案标准对两者做出不同的规定，体现故意从重的精神，审判机关也可以通过最终的宣告刑适当弥补，但是，通过立法来不同程度评价危害行为的这一途径就无法体现了。因此，为了使立法更科学、合理，在反映罪过形式的同时，也有必要将故意和过失犯罪分别规定，并设置不同的刑罚。
玩忽职守要求的严重后果的认定，如前所述，量化的结果比较容易认定，但是社会影响恶劣和兜底条款其他情形是很难量化的。例如否造成极其恶劣的社会影响很难认定，有案例用多家报刊、电台、电视台报道，反映该行为知晓的人数众多，影响恶劣，这种统计是否可以作为社会影响极其恶劣的一个标准呢。玩忽职守要求的后果究竟怎么确定还是值得探讨。
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