两罪的主要区别在于：
1、主观故意内容不同：两罪区别的关键是在于行为人是否有奸淫的意图。强制猥亵妇女罪不具有强行奸淫的目的。强奸罪则以强行奸淫为目的。
2、客观方面表现不完全相同：强制猥亵妇女罪是对妇女强行实施性交以外的猥亵行为，而强奸罪则是要求强行与妇女发生性交。
3、犯罪主体不同：强奸罪的主体为特殊主体，只有年满14周岁具有刑事责任能力的男子方可构成其罪；而后罪的主体为一般主体，年满16周岁具有刑事责任能力的自然人，不论男女均可构成其罪。年满14 周岁不满16周岁的自然人虽然能构成强奸罪，但不能构成强制猥亵妇女罪。
4、所侵害的客体不同。强奸罪所侵害的客体为妇女的性的不可侵犯的权利和未满14周岁幼女的身心健康；后罪所侵害的客体则为妇女的人格尊严。行为人首先出于猥亵妇女的故意后来又强行与之发生性关系，或者在对妇女强奸后又实施了一些猥亵行为的，属吸收犯，轻行为猥亵行为为重行为强奸行为所吸收，应当以强奸罪依法定罪处罚。
