贪污5000元就可以立案。涉嫌贪污罪下列情形之一的，应予立案：
1、个人贪污数额在5千元以上的；
2、个人贪污数额不满5千元，但具有贪污救灾、抢险、防汛、防疫、优抚、扶贫、移民、救济款物及募捐款物、赃款赃物、罚没款物、暂扣款物，以及贪污手段恶劣、毁灭证据、转移赃物等情节的。
《刑法》第三百八十三条 对犯贪污罪的，根据情节轻重，分别依照下列规定处罚：
(一)贪污数额较大或者有其他较重情节的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金。
(二)贪污数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金或者没收财产。
(三)贪污数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产；数额特别巨大，并使国家和人民利益遭受特别重大损失的，处无期徒刑或者死刑，并处没收财产。
对多次贪污未经处理的，按照累计贪污数额处罚。
