企业申报个税流程如下：
自我国新个人所得税实施后，就不能在原系统电子税务局上申报了，如果要进行申报，先登陆电子税务局，登陆后，进入个人所得税模块，找到申报初始密码。找到申报初始密码后，下载新个人所得税申报系统然后输入设置的登录密码，点击登录，就可以进入新个税系统了。之后，首先做人员信息采集，公司员工信息采集好后，进入填写界面后，有三个分类，如果是申报平时的工资，点击‘正常工资薪金’就可以了。人员工资填写好后，点击申报表报送，就是上传到税务局端，再点击发送申报表。确认好等待几份钟，新个税就申报成功了。
《中华人民共和国个人所得税法》第十四条
扣缴义务人每月或者每次预扣、代扣的税款，应当在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送扣缴个人所得税申报表。
纳税人办理汇算清缴退税或者扣缴义务人为纳税人办理汇算清缴退税的，税务机关审核后，按照国库管理的有关规定办理退税。
