刑事诉讼法中的公诉案件和自诉案件，二者之间是有区别的，主要是：
1、案件来源不同。公诉案件是由国家公诉机关即人民检察院提起的；而自诉案件是由被犯罪行为侵害的公民、个人或者他的法定代理人、监护人、近亲属直接向人民法院提起的。
2、犯罪危害程度不同。公诉案件中犯罪行为的性质一般来说比较严重，对社会的危害性也比较大；而自诉案件犯罪行为的性质多数不甚严重，对社会的危害性也比较小。
3、当事人的诉讼地位不同。公诉案件中公诉机关居原告地位，被害人处于证人地位；自诉案件中的被害人是自诉人，居原告地位。
4、刑罚处罚不同。公诉案件的刑罚处罚可达十年以上有期徒刑、无期徒刑直至死刑；而自诉案件的刑罚处罚，一般都在三年以下有期徒刑、拘役或管制。
