农村自建房超过面积处理方式如下：
1、宅田相抵政策，宅基地多占了，那么就用耕地来弥补，保持总量的平衡；
2、另外还可以采取缴费补偿的方式继续使用宅基地，在和村集体协商一致的情况下，报上级部门批准；
3、村民自治协商原则，由村集体共同商定，决定处理方案，然后上报上级部门。
：《
中华人民共和国土地管理法》第六十二条法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第六十二条
农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
人均土地少、不能保障一户拥有一处宅基地的地区，县级人民政府在充分尊重农村村民意愿的基础上，可以采取措施，按照省、自治区、直辖市规定的标准保障农村村民实现户有所居。
农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。编制乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。
农村村民住宅用地，由乡（镇）人民政府审核批准；其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。
农村村民出卖、出租、赠与住宅后，再申请宅基地的，不予批准。
国家允许进城落户的农村村民依法自愿有偿退出宅基地，鼓励农村集体经济组织及其成员盘活利用闲置宅基地和闲置住宅。
国务院农业农村主管部门负责全国农村宅基地改革和管理有关工作。
多占的宅基地面积怎么处理
1、将超占的部分返还。可以将多余的宅基地有偿的退出交回给农村集体组织或者是进行复垦，从而可以获得国家予以的相关补贴；
2、强制拆除，收回超占宅基地。如果超占宅基地后不愿意接受到国家的处罚的，这部分超占多占的宅基地将会由农村集体组织进行强制收回，其超占部分上的建筑物也将会被给拆除；
3、付费有偿使用。超占宅基地的，将会遭到国家的处罚，在接受了处罚之后，则能够继续付费使用其超占、多占的宅基地。
