根据《条例》第33条的规定和有关刑法理论，司法实践中，应将医疗事故罪与医疗事故相近事故区分开来。
1、 医疗事故罪与医疗技术事故的界限。
医疗技术事故是指在诊疗护理工作中，因医务工作者的技术过失，造成病员死亡、残废或功能障碍的事故。在医疗技术事故中，由于医务人员在诊疗护理过程中已尽其责，没有违反工作制度和技术规程，只是由于在现有医学科学技术条件下，设备或医务技术水平的限制发生了无法预料或者不能防范的不良后果。由于行为人不具备构成医疗事故罪的主客观要件，因而医疗技术事故不能作为有罪处理。
2、医疗事故罪与医疗差错的界限。
医疗差错是指虽有诊疗护理错误，但未造成病员死亡、残废、功能障碍的情形。由于没有造成医疗事故罪的法定的危害结果，医疗差错不具备构成医疗事故罪的客观方面的要件而不构成犯罪。
3、 医疗事故罪与医疗意外的界限。
医疗意外是指在医疗活动中由于患者病情异常或者患者体质特殊而发生的难以预料和防范的不良后果。在医疗意外中，由于医务人员没有主观罪过，故不属犯罪。这种情形刑法理论称“意外事件”或“不可抗力事件”。
4、医疗事故罪与并发症的界限。
并发症一般指在医疗过程中难以避免和防范的不良后果，如某一种疾病在治疗过程中，发生了与这种疾病有关的另一种或几种疾病。如果因此出现病人死亡、残废或功能障碍等情形，由于这些结果的产生不是医务人员的诊疗护理过失所致，因而不属医疗事故，也不能作为犯罪处理。这种情形也属刑法理论上的“意外事件”或“不可抗力事件”。
5、医疗事故罪与抢救行为的界限。
抢救行为是指在紧急情况下为抢救垂危患者生命而采取紧急医学措施造成的不良后果，如医务人员为了挽救病员生命、治愈疾病，在采取其他措施不能达到目的时，不得不冒较小的风险，有时还不得不采取损害病员较小利益的方法，以保护其生命健康免遭损害的行为。这种情况下如果造成病人死亡、残废或功能障碍等后果，由于医务人员没有犯罪的故意或过失，故不能认定为有罪。
此外，无过错输血感染造成不良后果以及因患者方面的原因延误诊疗导致不良后果的，都不属于医疗事故，医务人员均因没有主观罪过而不构成犯罪。
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