环境污染损害赔偿案件的诉讼时效为三年。
我国《民法通则》第一百三十五条规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外。”环境保护法第四十二条规定：“因环境污染损害赔偿提起诉讼的时效期间为三年。”可见，环境污染损害赔偿诉讼的时效为三年。这里的问题就在于诉讼时效“从当事人知道或者应当知道受到污染损害时起计算”的规定于受害人不利。如前文所述，环境污染损害有间接性、潜伏性、长期性、遗传性等的特点，直接的和必然的因果关系链在环境污染损害赔偿诉讼中是无法找到的，受害人往往“难以知道”或根本就“不知道”受到的是什么损害。在现代工业化如此发达的社会，受害者在知识方面往往是处于弱势地位，“应当知道”对他们来说大会过于苛刻了。在现时诉讼中，三年诉讼时效的规定是远远不能够保护受害当事人的。三年，往往在人们还不知就里时就早已过去了。诉讼时效是权利人怠于行使权利的持续状态超过法定期间便丧失司法救济权的法律制度，其用意是督促受害人积极行使自己的权利。但是，环境污染损害赔偿诉讼三年的诉讼时效，因损害客观上的特点，决定了受害人主观上再积极也无法有效地保护自己。
对当事人提出的损害赔偿，笔者认为可以从以下几方面予以考虑：
1、人身损害赔偿。
2、财产损害赔偿。
3、精神损害赔偿。由于环境污染造成人身伤害的，受害人或死者的其近亲属依照《最高人民法院关于确定民事侵权精神损害赔偿责任若干问题的解释》第一条的规定，可以提出精神损害赔偿。
对于人身损害的赔偿标准，笔者认为可以参照《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》的规定予以确定;对于污染环境造成受害人健康的潜在危害，如人体功能减退、早衰等，虽未经医治，尚没有支出医疗费等，也应当予以适当赔偿，以补偿人体的潜在损害。
对于财产损害赔偿，直接经济损失比较容易计算，对于间接经济损失则难以把握，可以从以下三个特征去把握:
1、损失的是一种未来的可得利益，在侵害行为实施时，它只具有一种财产取得的可能性，还不是一种现实的利益
2、这种丧失的未来利益是具有实际意义的，而不是抽象的或者假设的;
3、这种可得利益必须是一定范围的，即损害该财物的直接影响所及的范围，超出这个范围，不能认为是间接损失。除此之外，间接损失还应当由具有相关资质的鉴定单位作出鉴定结论后，再予以确定。对于第三种经济损失即恢复环境所需要的费用，该费用往往是天文数字，而且难以确定最终数额，对于该损失笔者认为可以由相关部门作出恢复环境所需要的时间的鉴定结论，再结合第二种间接损失，计算出受害人在此期间内的预期收入的损失，由污染责任者予以赔偿;当然如果污染责任者选择恢复环境，也可以判决由其在一定的时间内予以恢复。
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