生态环境污染在经济学里被视为市场的负外部性，不能通过市场自主地配置资源来解决，需要政府发挥作用，来解决这种市场外部性。具体手段有三种：环境资源税费、排放(污)权交易和行政惩罚管制。前两种是调节市场手段，后一种为强制行政手段。
经济学家庇古在1920年提出了环境资源税费——庇古税，即对每个污染排放行为征收一个单位的排放税，实质就是给污染确定价格。在资源税费方面，资源，尤其是化石燃料与矿石产品的开采会带来大量污染，需要用资源税来补偿。我国早在2007年就酝酿推行资源税改革，但当时迫于通胀压力未能实行。接着不期而至的金融危机，使得资源税再次搁浅。我国目前资源税征税范围限于原油、天然气、煤炭、其他非金属矿原矿等七个品目，而且存在从量计征、税额偏低的问题，仍有许多重要的自然资源未包括在内，如水资源、地热资源、森林资源等。2010年6月，我国启动了新疆矿产资源税改革试点，明确扩大范围，从价计征，提高税率。 2010年7月，中央决定矿产资源税改革扩大至整个西部地区，这标志着我国资源税改革拉开了序幕。目前，加快推进煤炭等其他品目资源税从价计征仍是亟待改革的领域。在环境税费方面，我国排污收费制度已执行30余年，征收对象涉及506万家企事业单位和个体工商户。2003年出台了《排污费征收使用管理条例》，但是至今10余年，排污费全国收费标准一直未变，总体偏低，虽然有16个省份微调了收费标准，但收费与治理成本之间依旧有不小的缺口。2014年7 月，天津市开始实行新的排污费征收标准，四种主要污染物排污费平均提高9.5倍以上。今年元旦，北京已经将二氧化硫、氮氧化物的排污费征收标准调整为每公斤10元，比原标准提高15倍左右。即便大幅提高排污费，但是推进环境税费改革还是下一步改革的重点。排污费改税不仅能够增强征管强制力，也是规范政府收入形式的要求，并能解决环保部门依靠“吃排污费”的“尴尬指责”，而且能够调整不同企业间的负担水平，开征有利于企业公平竞争。
经济学家科斯于1960年提出的科斯定理，指出通过给污染行为确定产权，污染权可以进行交换，从而通过市场交易来使污染得到有效解决。我国在排放(污)权交易已经有了一定进展，尤其是碳排放权的交易。1997年通过的《京都议定书》把碳排放交易作为碳减排的重要工具，之后世界各国纷纷构建自己的碳交易市场。由于我国已经成为世界碳排放的第一大国，遭受了巨大的国内外碳减排的压力，因此我国开展了碳排放交易试点工作。2011年11月，国家发改委确定北京、上海、天津、重庆、深圳、广东和湖北为首批碳排放交易试点省市。目前7个试点已经全部启动上线交易。截至2014年6月29日，已启动交易的试点省市累计总成交量约856万吨二氧化碳，总成交额约3.38亿元，当然这距离全球每年约1700亿美元的碳排放交易额还有很大差距，但也说明我国碳交易市场潜力巨大。下一步改革的重点应该是进一步建立全国范围的碳交易市场机制，包括研究全国碳排放总量和分解落实机制、制定全国碳排放权交易管理法、建立国家碳排放权交易登记注册系统等工作。
在环境资源税费、排放(污)权交易没有建立或无法推行的领域，国家还是要加强对环境污染的行政惩罚管制，来弥补市场调节手段的缺失。加紧进行生态环境保护责任追究制度和环境损害赔偿制度的理论研究和现实调研，厘清基本的理论问题。目前，对环境赔偿的根本目的、环境损害的界定、赔偿原则、赔偿范围、免赔条件、追溯时限等一些基本理论还没有具体界定;因果关系的确认、举证责任、赔偿程序、赔偿数额的计算等基本的政策、标准、规范尚未建立;对无法确定环境侵权人的环境损害如何赔偿、损害后果超过环境侵权人赔偿能力时如何赔偿等无法回避的现实问题还没有形成共识，更没有操作依据。2011年，环境保护部在7省市进行环境污染损害鉴定评估试点工作。待试点成熟后，应确定全国统一的环境损害鉴定和评估计算方法，在国家统一规划下，在各地方建立权威的环境损害鉴定评估机构，为环境损害赔偿提供可靠的技术支撑。
