近年来，西南大学司法鉴定所在农业司法鉴定领域开展了一些工作，主要涉及种植、养殖、生态环境等。
种植方面主要涉及果树损害赔偿案件，比如污染、高速公路修建占用果园地以及其它原因造成果树损失的案件，基础建设项目占用园林苗圃地造成损害的案件等。
养殖方面主要涉及鱼类养殖及家畜、家禽养殖损害赔偿案件，特别是鱼类养殖损害赔偿案件较多，水体污染、工程建设等造成鱼类养殖损害赔偿案件，多数情况下当事人双方无法知道水体中的鱼类数量，通过当事人提供水体面积、深度、当地气象资料以及投放鱼苗、饲料等饲养管理情况，对水体中的鱼类数量进行科学合理的估算，使相关案件得以正确评判。也有的案件通过当事人提供的相关情况，对鱼类死亡原因作出判定，使审判工作能顺利进行。
生态环境方面主要涉及由于矿藏开采、工业生产排放三废等造成农田被污染或生态环境恶化，不再适合农业种植等案件，在此情况下，需要对农田被污染的程度、恢复耕作所需投入等相关损失进行合理评估。通过对一些案件的鉴定评估，使农户因生态环境的人为破坏受到的损失得到了合理的补偿，产生了良好的社会效益。
多年来，通过西南大学司法鉴定所的工作，使相关案件得以顺利进行，取得了良好的社会效益，有的还使当事人挽回了重大经济损失。
