建立最严格的环保制度，必须注重长远，坚持整体、系统和全面改造当前制度体系的长期方向。要使环境法治成为统领和指导环境保护全局的根本性制度和最高意志；要按照环境质量改善和环境健康风险防控的管理导向，围绕为社会公众提供优良环境公共产品、实现环境管理战略转型的管理目标，依据源头严防、过程严管、后果严惩的管理思路，设计、调整和改进环境管控制度；要建立能够在生态环境保护资源配置中发挥决定性作用的市场和价格制度，使环境资源成本得到充分体现，生态破坏和环境污染导致的负面外部环境成本得到赔偿，生态环境保护产生的正面外部环境成本得到补偿，促进经济活动朝着资源节约和环境友好的方向调整和改进。
具体来讲，建议主要加强以下几方面工作：
第一，建立最严格的源头严防制度。建立符合生态文明建设要求的环境保护目标体系、统计体系与核算制度。围绕生态保护红线，建立严格的环境准入制度，强化污染企业停产治理、淘汰和退出。改革和完善环境影响评价制度，将环境质量改善和环境风险可接受水平作为环境影响评价的基本准则，以是否能促进环境质量改善为评估标准，开展战略、规划、政策和项目环评。建立重大项目(政策)社会风险评估制度，健全社会风险民意沟通和利益诉求机制，强化社会风险化解工作机制。
第二，建立最严格的过程严管制度。建立能够充分体现地方政府环境保护工作实绩的领导干部政绩评价考核制度。建立统一公平、覆盖主要污染物的排放许可制度。探索深化以环境容量为基础、以环境质量为导向的总量控制制度。建立最严格的环境排放标准体系，充分发挥环境标准的引领和导向性作用。建立严格监管所有污染物排放的环境监管和行政执法制度，探索环保部门和公安部门联合执法的联动机制，推动建立从中央到地方的环保警察队伍。
第三，建立最严格的后果严惩制度。推行党政领导干部生态环境审计和终身责任追究制度，对不顾生态环境盲目决策、造成生态环境损害严重后果的官员，实施终身责任追究，包括政治责任和法律责任的追究。建立生态环境损害赔偿和刑事责任追究制。强化生态环境损害赔偿和责任追究，建立环境损害鉴定评估机制，健全环境公益诉讼制度，完善环境审判体制机制，探索建立环境污染损害赔偿基金制度。
第四，建立最有效的经济调节制度。建立绿色财税金融制度体系，如建立绿色公共财政体系，推进环境税改革，制定基于环境成本考虑的资源性产品定价政策，完善和深化绿色信贷、环境污染责任保险、绿色贸易政策体系等。推动实施排污权有偿使用与交易制度，建立基于总量控制、排污许可和有偿使用的排污权交易制度，加大排污权交易的组织机构和监管能力建设。建立平衡生态产品生产者与受益者利益关系的生态补偿制度，建立通过财政转移支付向生产者购买生态产品的生态补偿制度，保证环境权益在不同区域、群体、保护者和受益者之间的公平分配，调节生态产品生产者与受益者之间的利益关系。
第五，完善公众参与制度。健全环境保护的公众参与制度，推动环境公共治理体系和治理能力现代化。在法律法规中明确公民环境权利，完善保障公众参与、引导和监督的信息公开、立法听证等制度。明确政府、企业和公众等在环境保护中的主体责任，通过建立政府、企业、公众定期沟通、平等对话、协商解决机制，引导公众参与环境保护制度执行的评估和考核。完善环境新闻宣传机制，引导新闻媒体，加强舆论监督。推动社区环境圆桌会议制度。科学引导民间环保公益组织发展，搭建公众和政府良性互动平台。
第六，改革生态环境保护管理体制。在中央层面，划清资源、生态和环境3个领域的关系，将资源领域包括其所有、使用和监管作为独立序列，将生态保护和建设如林业建设等作为独立序列，将生态和环境监管整合作为独立序列，监管所有污染物排放、监管生态保护与建设的结果、监管资源开发和利用中的环境影响。在中央和地方分工层面，明确事权和财权的分配，中央职能部门负责制定相关制度、政策和标准，督查地方政府的执行，督查地方政府所负责的生态环境质量，协调跨区域流域关系等，地方政府负责具体执行，负责生态环境质量改善和环境风险控制。在环境保护系统内部，按照生态环境要素设置内设管理机构，按照国家监察、地方监管、单位负责的监管体系，建立独立而统一的环境监管体制，排除地方政府对环境监管和执法的不适当干预。
