我国农业税的形成有特殊的历史背景。建国之初，国民经济以农业为主，政府收入主要依赖农业的贡献，在那个时期的国家财政收入中，农业税确实是一个举足轻重的税种。随着生产力的发展和社会的进步，现行的农业税制呈现出很多缺陷和弊端。
1.不合理的农业税制对农民不公平
农民所承受的税负比城市工商业者的更繁重。有人做过调查：实行农村税费改革试点的地区，取消其他统筹收费后，农民的负担水平为8.4%.如果考虑我国农产品平均商品率只有40%，则换算后的农产品商品的流转税税负高达21%.对于城镇工商业者，增值税销售货物的起征点是月销售额2000— 5000元，折合年销售额24000—60000元。目前我国绝大多数农户的农产品销售额根本达不到这个标准，因此不应该缴纳流转税。如果比照现行个人所得税法的规定，个人月基本扣除额800元，折合成一年就是9600元。照此标准，农民也不应该缴纳个人所得税。农民作为消费者已经为国家税收做出了应有贡献，其生活消费和生产消费中的外购式消费占到农民纯收入的一半以上，并且他们还要承担其他税负，如消费税。这种现行的城乡二元化税制格局，对于农民来说极不公平。
2.现行农业税制不符合现代市场经济的本质要求
市场经济条件下的税收一般是针对商品流转额，或者是针对生产、经营所获利润或其他性质的净收益。我国现行农业税条例是1958年颁布的。该税制既不是针对农业生产净收益征收的所得税，也不是按商品流转额征收的商品税。不论农民所从事的农业生产经营活动的商品率是多少、效益好或坏，只要使用了土地都必须交税。而且，农业税的计算没有扣除生产成本，计征基数中连农民的自食口粮也包括在内，农民的生产耗费(包括生产资料与劳动力消耗)得不到相应的补偿，反而必须交税。实质上，这种农业税是一种类似“地租”的土地税。
3.现行农业税制约了我国农村经济比较优势的发挥且降低了农产品的国际竞争力
我国农民具有劳动力成本低廉的经济比较优势。我国现行农业税制，一方面使农业相对于其他行业处于不公平的竞争地位，本来以种地为生的农民离开了土地，结果使得大批农田被抛荒;另一方面束缚了我国农产品进一步扩大的国际市场，减少了国内市场占有率，从而减少了农民的就业总量。大量农民收入不固定，难免会引起一系列社会稳定问题，不利于“三农问题”的解决。
我国的农特税定位仍为农业税。因此，我国无法对进口国外农产品征税，也无法对出口国内农产品退税。这就削弱了我国本身脆弱的农产品的竞争力，不利于在WTO成员国中的严峻竞争。
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