对民办医院，应根据其医疗机构执业许可证上注明的注册类型分为营利性医疗机构和非营利性医疗机构，分别适用不同的税收优惠政策。
对于非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入，免征各项税收。不按照国家规定价格取得的医疗服务收入不得享受这项政策。
对营利性医疗机构取得的收入，按规定征收各项税收。但为了支持营利性医疗机构的发展，对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自取得执业登记之日起，三年内对其取得的医疗服务收入免征营业税。
另外，依据国家原企业所得税有关规定，非营利性医疗机构的非医疗服务收入直接用于改善医疗卫生服务条件的部分，经税务机关审核批准可抵扣其应纳税所得额，就其余额征收企业所得税。
按照2008年实施的国家新企业所得税法的规定，符合条件的非营利组织的收入为免税收入。但非营利组织的收入，不包括非营利组织从事营利性活动取得的收入。新企业所得税法对非营利性组织的认定管理办法，目前正在由国务院财政、税务主管部门会同国务院有关部门制定。
