涉密证据是指涉及国家秘密、商业秘密、个人隐私或者法律规定的其他应当保密的证据。
在行政诉讼中涉密证据的确定应经以下法律程序：(1)须由提供证据的当事人明确标注说明;(2)须在开庭审理之前提出保密申请;(3)须经人民法院审查确认，这样是为防止当事人以此为由规避公开质证或隐瞒事实真相，侵害对方当事人的合法权益。审查包括：是否合法，如果属于违法事实，法院不予保护，也不能作为不公开质证的理由;是否符合相关法律的规定，如保守国家秘密法、反不正当竞争法。
之所以对涉密证据作出特殊规定，是因为泄漏或公开涉秘证据将危害国家安全与利益或侵害公众、相关企业或公民个人的合法权益。在诉讼中，尽管法庭主要审查争议的真实情况，但对这一价值目标的追求亦不能不惜一切代价，因此，在以公开为原则的审判程序中，应将涉密证据作为例外加以保护。
法律规定，在行政诉讼中，对涉密证据不得在开庭时公开质证，《若干规定》又增加了“标注”和“确认”两个行为的规定，使对其保护更加完整、具操作性。其中“标注”和“确认”是决定不得“在开庭时公开质证”的前提条件。这一补充规定体现了对公共利益、公序良俗、个体的人格、意志及合法权益予以充分的关注，更体现了权利义务对等的现代诉讼理念。不仅维护了诉讼当事人的合法权益，同时也有利于程序公正的实现。不足的是，当事人标注、说明后，人民法院依照什么标准进行审查判断。这直接关系到这些证据能否公开质证。如行政机关常有各种印有“机密”、“绝密”字样的文件，其中并不都属于国家秘密，法院不可能了解行政系统的内部事务，加上法律规定可能有空白，很难作出正确判断;再如“个人隐私”更是缺乏具体规定，法官的判断往往具有明显的主观倾向性。总之，依据形式标准还是实质标准，法律须明文规定，若无一个适当的判断标准，法院确认错误并给予了错误保护，则剥夺了对方当事人公开质证的权利，可能造成不公正裁判。解决这一问题，还有赖于相关法律的进一步完善。
