任何一种制度的建立和发展都必须有其自身的理论基础作为支撑，否则它就会成为空中楼阁。那么行政公诉的法理基础又是什么呢?
(一)社会公共性权利的司法保护
社会公共性权利是公民权利的延伸。公民权利以及社会公共性权利受到尊重和保护的程度，是一国法治状况和人权发展水平的反映，正如学者所说，“行政诉讼制度本身就是民主政治在某一诉讼领域的具体反映。赋予什么样的人可以提起行政诉讼的权利，不仅仅是一个诉讼程序问题，更重要的是通过行政诉讼这一特定的诉讼制度体现一个国家对公民权利保护的程度。而从行政诉讼制度监督行政职权的依法行使这一特定角度来说，原告起诉资格的赋予就是其民主权利的一个表现。”
公民的各项权利，根本上是通过法律来确认和规范的，法律的制定和实施，实际上是法律使公民权利从应然权利，演变为法定权利，再发展成为现实权利的过程。因而公民权利的主要内容是法律权利，这是由公民权利的性质和法律的性质决定的，也是权利获得法律保障的必然要求。法律要保障公民权利，首先要为公民权利设立相应的权利制度，为保障公民权利提供制度根据，包括宪法和普通法律两个层面的根据。 同时，“形成中的权利”的司法救济是在没有相应的实体法规范的情形下进行的，此时正当利益享有者需要运用诉讼来判断其利益的有无，但应当承认其具有诉的利益。
不管如何，仅有制度根据没有制度保障是不够的，社会公共性权利必须以切实有效的诉讼手段为依托。就我国而言，“立法者往往局限于创制的层面，关注法律规范自身在逻辑结构上的完整性，而忽视从将来法律实施的前瞻性视角关注法律的可诉性问题。” 虽然我国宪法和法律对公民的社会公共性权利设置了初步的实体权利体系，但由于这些权利往往由多数人共同享有，因而公民个人一般不被认为具有直接的诉的利益，其原告资格不被认可。须知，无救济即无权利，权利受侵害者都应享有申请救济的资格;司法救济是保护公民的最后一道防线，任何一种法律权利要获得实在性，就必须赋予权利人获得司法上救济的权利。概言之，公民的基本权利，包括社会公共性权利，除了通过法律的普遍性实体赋予外，还要获得可诉性，这是行政公益诉讼确立的法理基础之一。
(二)私人力量对行政权的制约
依我国行政诉讼法法之规定，只有公民、法人或其他组织认为具体行政行为侵犯其自身合法权益时，方有提请司法审查的权利;而如果政府行为侵害了社会公共利益，因这种侵害与私人没有直接利害关系，则被排除在司法审查的范围之外。此种观念和制度之所以存在，其理论根据就在于：行政权本身就是为维护公益而设的，它的行使原则上不受司法审查。私人无权为公益提起诉讼，当法院认定公民个人与案件不存在直接利害关系，则不认可其具有诉的利益，也即不认可其原告资格。
按照这样的传统理论，公权的行使如侵害了公共利益，是由另一种公权来纠正，以公权控制公权。依此，行政权在其固有范围内运作，即使其行为危及或害及社会公益，只要没有直接损害私人利益，普通公民就无权干预，无权借助司法手段对之进行审查;而只能靠公权系统内部解决，即以分权和制衡的机制加以解决。
首先，行政权无限扩张。任何国家，任何政府，都经常提出“小政府，大社会”，精简机构;中华人民共和国自建国以来就提出了精简的目标，建立廉洁政府、效率政府的目标;但不知精简了多少次，但精简过后，一段时间又恢复了，只不过换了别的名字罢了。为什么精简不下去?归根到底就在于这个基本理论，用公权来控制公权，它必然是要增设机构，增设授权，其结果是恶性循环，行政权呈现出无限扩张的趋势。
其次，从公务的廉洁性上说，按照现行法律，对国家机关有损公益的违法行为，公民可以向上级机关检举;对检举有功的公民，国家还可以给予奖励。人们期望这些行政机关上下左右之间互相监督和制衡，使任何一种违法行为都不可能逃脱。这在理论上是很好的，但有一个前提，这些国家机关是真正依法办事的，廉洁奉公，忠于正义。然而在事实上，政府机关及其公务员并不是超脱一切利害关系之外的，他们本身也组成了若干集团和阶层，互相之间也有形形色色的利益关系。不难看到，很多擅权渎职、贪赃枉法的官员在被查处之前，都受过上级表彰，罩着许多光环，这难道还不能引起人们的警醒?
总之，封闭的权力分立与制衡之设计一方面使得公权系统呈无限扩张的趋势，运作效率愈来愈低下，造成社会资源的极度浪费;另一方面也使得各种权力日益聚合为一个拥有自身利益的庞大系统，堵塞了公民管理国家事务、主张各种权益的途径，违背了人民主权的根本法理。
作此种分析，当然不是主张权力制约的悲观主义或取消主义，也不是完全否定先哲们关于国家权力制约的理论和那些英明的主权者及杰出的政治家的伟大实践。这种认识的意旨在于，我们需要从权力和权利资源的整体配置和互动上进行深刻反省，运用公权以外的力量-私人力量，通过司法审查的手段，对行政权力进行制约。司法审查的精髓是什么呢?我们不应只看到这是法院通过司法程序来审查行政行为，实质上其意义在于动用私权的力量来制约行政权之行使，来保护各种私益和公益。
(三)诉的利益观之更新与公益救济
在“无利益即无诉权”的原则下，一般认为，作为诉权要件的“诉的利益”是法院进行裁判的前提。传统理论上，诉的利益是指当一人之权益受到侵害或与他人存在纠纷时，需要借助诉讼程序予以救济的必要性。 诉的利益与原告资格直接相联系，因此，笔者以为，要研究诉讼资格扩大的问题，其认识基础应在于诉的利益观之更新。
在大量的公害性案件涌现之前，权益之纠纷主要发生于平等主体之间，按照传统的“法律权利观”，是否具有诉的利益是容易识别的。而随着新型纠纷(环境诉讼、公害诉讼、消费者诉讼等)的出现，往往无从将这些纠纷的事实纳入现行法律所承认的权利体制或框架之中，然而，事实上又必须对这些纠纷予以解决。因为其权利义务的内容及权利主体的外延未必清楚，若依传统的诉的利益的观念和标准进行审查，可能会不承认其具有诉的利益。因此，基于增加国民接近法院或使用诉讼的机会或途径，扩大诉讼手段解决纷争和保护权益的功能，以及实现判决形成政策的机能，应当是尽量扩大诉的利益的范围，对于诉的利益的衡量，不仅应从其消极功能，也应从其积极功能的角度来进行。显然的，在行政诉讼中对利害关系作简单化、线条化的理解和把握，在现代社会已经不合时宜。细思之下，认为政府的公权力行为与公民个人毫无利害关系，难免显得绝对。
