现代公务员制度体现在公务员收入分配体系中，就必然要求各个公务员的收入，不受职业之外的其他因素影响，同时，同一个预算所覆盖的政府各个部门的公务员的实际收入应当是统一的，而不受其所在部门的影响。海关、国家检验检疫局、国家林业局、国家税务总局等中央直属机关正在对雇员收入体系进行调整，核心内容是规范名目繁多的津贴、补贴，经过这样的调整之后，雇员薪酬出现下降，有的甚至下降接近一半。
公务员收入分配存在不合理之处。这套制度形成于计划经济时代，其基本特征是单位福利制度。尽管计划体制强调全国一盘棋，但是，包括货币收入、实物福利在内的个人实际收入，并不是由一个全国、哪怕是全省、全市统一的公务员管理机构发放，而是由各个单位自行发放。这样，同一级别的干部，就职于不同部门，实际收入大相径庭。“单位”的好坏直接决定着个人实际总收入的高低。
这套体系所造成的部门间收入差距，在经济体系开始市场化之后，被大幅度放大了。有的单位可以通过某些合法、灰色渠道“创收”，从而给其公务员发放各种名目的补贴、津贴。有些单位没有这类收入，其公务员只能吃财政发放的基本工资。
这样的公务员收入分配体系必然诱导各个政府单位想办法去创收，有的是利用权力设置管制项目，有些直接、间接地创办企业，从事赢利性活动。所有这些做法，都不可避免地大幅度增加人们从事经济、社会、文化等活动的成本，损害了公平的竞争秩序。
进一步说，这种收入分配体系无法对公务员形成一种公共利益导向的激励机制。有些部门直接关系到民众福利，但是这些部门很可能属于“清水衙门”，其公务员的收入与其他部门差距过大，这必然挫伤这些公务员的工作积极性，这些部门自然也不可能吸引才能较高的公务员。
这样的制度安排不利于公务员制度的正常运转。现代公务员制度至少有两大基本特征：独立性与统一性。这两个特征体现在公务员收入分配体系中就必然要求，各个公务员的收入不受职业之外的其他因素影响，同时，同一个预算所覆盖的政府各个部门的公务员的实际收入应当是统一的，而不受其所在部门的影响。
目前公务员的收入究竟是高了，还是低了，这是一个需要通过财政民主程序决策的问题，但无论如何，公务员的收入理应完全来自财政，理应由一个统一的公务员管理部门发放，而不是由各个部门自行发放。只有这样，才能使公务员成为政府的专业雇员，而不是各个部门的雇员，更不是某个领导的雇员。
