社会保险业务从单位、个人参保登记到享受待遇，是一个相互联系、相互制约的有机整体。基金财务会计从价值方面核算反映基金收、支的财务状况，反映社会保险事业的管理工作成果，从而形成了社会保险业务部门和财会部门之间互相支持。互相监督的工作关系，并决定了财务会计子系统和业务子系统两者密不可分。只有建立一套与业分子系统互联直通、资源共享、互相有效支持和监督、电子化数据处理，并提供预测、决策管理支持的快速、高效的基金财务会计信息化管理干系统，才能满足基金财务会计信息化的需要。
但是，基金通用会计电算化系统从一开始就是与社会保险业分子系统互相隔绝，不相往来。这与基金财务会计核算特点扼要相比，存在着明显的缺陷。
首先，对于社会保险财务会计来说，电算化系统的应用，只是部分地减少了会计人员记帐、自制报表的工作量而已。而对于大量的社会保险会计核算数据资料仍依赖人工逐笔输入，特别是成千上万张社会保险费征收、拨付单据的到帐处理仍需手工进行逐笔确认计算，并要在业务部门和财会部门之间进行传递，既重复劳动，又容易增加出错的机会，造成收、付信息的不真实。
其次，通用会计电算化系统，根本无法满足基金会计核算海量数据的需要。例如，《社会保险舍计制度》规定，养老保险个人帐户和医疗保险个人帐户，应按社会保险对象个人设置明细帐，核算每一个社会保险对象的个人帐户收入、支出和结余憎况。经办机构财务部门的总帐上不单独反映的，应以建立个人帐户台帐的方式，单独反映个人帐户的缴纳及积累情况。对于这些以十万、百万计算的会计核算数据，比如，参保单位的缴费数据，个人帐户的收入、使用、结存情况，离退休个人应付台帐等大跨度的历史查询，传统的通用财务会计电算化系统根本没有能力处理，也无法向有需要的社会保险对象提供开放性的信息查询需要。
再次，通用会计电算化系统，无法实现财务会计与业务部门的相互监督。由于财务会计电算化系统与社会保险业务干系统两者互不相通，财会部门无法监督业务核定的每一个单位、个人的收、付数据与会计收、付数据是否一致，而业务部门又无法监督财会部门是否按业务收、付数据进行收、付款处理。财会部门与业务部门之间相互脱节、无法监督，不能满足基金的规范管理需要。
最后，传统的通用财务会计电算化系统是财会部门级的系统，与业务信息管理系统没有数据联结口，信息仅限于财会部门使用，电算化系统成了事实上的信息孤岛。财会电算化系统进行预测、分析时，无法取得业务数据的直接支持，直接削弱了财会电算化系统参与决策管理的能力。[page]
