一、仔细阅读使用的合同文本，掌握有关建设工程施工合同的法律、法规规定。
目前签订建设工程施工合同，普遍采用建设部与国家工商总局共同制定的gf—1999—0201《建设工程施工合同》示范文本。该文本由协议书、通用条款、专用条款及合同附件四个部分组成。签订合同前仔细阅读和准确理解“通用条款”十分重要。因为这一部分内容不仅注明合同用语的确切含义，引导合同双方如何签订“专用条款”，更重要的是当“专用条款”中某一条款未作特别约定时，“通用条款”中的对应条款自动成为合同双方一致同意的合同约定。
有关建设工程施工合同的法律、法规主要有：《中华人民共和国合同法》、《中华人民共和国建筑法》、《建筑工程质量管理条例》、《建筑业企业资质管理规定》、《建筑业企业资质等级标准》(试行)、《建筑安装工程总分包实施办法》、《建设工程施工发包与承包价格管理暂行规定》、《工程建设项目实施阶段程序管理暂行规定》等。签约前首先应注意要签约的合同是否存在可能被认定为无效的情形。
依据相关法律和司法解释的规定，合同无效的情形包括以下情况，而存在违反上述规定的施工合同将导致无效或者部分无效：
1、承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的;
2、没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的;
3、建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的;
4、承包人非法转包建设工程的。
二、严格审查发包人签约主体资格、资质等级及履约信用。
首先，需认真审查建设单位是否依法领取企业法人营业执照，取得相应的经营资质和等级证书，审查建设单位签约代表人的资格，对于代订合同的经办人，应要求其出具委托人的授权委托书，并核查其是否处于委托书的委托权限和期限内。
其次，审查工程项目的合法性，如果未取得相关规划、报建手续，施工过程中被勒令停工或拆除，则施工企业可能面临发包方不能如期支付工程款的风险。
再次，对于联合体投标的项目，国家有关规定或者招标文件对投标人的资格条件具有相关的规定，联合体各方均应具备规定的相应资格条件，由同一专业的单位组成的联合体应按照资质等级较低的单位确定联合同的资质等级，并应则联合体各方共同确定联合体投标单位的牵头人。
最后，还应对发包方的履约信用进行审查。
三、使用准确术语来表述工期、质量、造价等施工合同重要条款的约定
“工期、质量、造价”是建设工程施工永恒的主体，有关这三个方面的合同条款是施工合同最重要的内容，合同用词应表述准确，同样用词的含义应相互一致，不能存在互相矛盾、含糊不清、易产生误解或歧义的表述。
1、实践中关于工期的争议多因开工、竣工日期未明确界定而产生。开工日期有“破土之日”、“验线之日”、“进场之日”、之说，竣工日期有“验收合格之日”、“交付使用之日”、“申请验收之日”之说。无论采用何种说法，均应在合同中予以明确，并约定开工、竣工应办理哪些手续、签署何种文件。对中间交工的工程也应按上述方法作出约定。
2、根据国务院《建设工程质量管理条例》的规定，工程质量监督部门不再是工程竣工验收和工程质量评定的主体，竣工验收将由建设单位组织勘察、设计、施工、监理单位进行。因此，合同中应明确约定参加验收的单位、人员、采用的质量标准，验收程序，须签署的文件及产生质量争议的处理办法等。
3、建设工程施工合同最常见的纠纷是对工程造价的争议。由于任何工程在施工过程中都不可避免设计变更、现场签证和材料差价的发生，所以均难以“一次性包死，不作调整”。合同中必须对价款调整的范围、程序计算依据和设计变更、现场签订、材料价格的签发、确认作出明确规定。
四、对工程进度拨款和竣工结算程序做出详细规定，避免使用含糊不清易产生误解或歧义的表述。
在工程款支付程序上，合同一般写明“工程进度款按月付款或按工程进度拨付”，但如何申请拨款，需报何种文件，如果审核确认拨款数额以及双方对进度款额认识不一致时如何处理，往往缺少详细的合同规定，引起争议，影响工程施工。一般合同中对竣工结算程序的规定也较粗，不利操作。因此，合同中应特别注重拨款和结算的程度约定。
在工程款支付条款的表述上，应明确验收合格后付款是指“单项工程验收合格”还是“工程整体竣工验收合格”?质量条款上应明确质量标准是达到何种标准?工程尾款支付是在“两年保修期满后付款”和“保修期满两年后付款”?上述表述在法律效果上存在着截然不同。
五、合理限制三方协议、债权转让协议在分包合同中的应用
建设工程的合同安排中常常存在由发包人选定指定分包人、由总承包人与指定分包人签订相关分包合同、并由发包人直接支付分包工程款给指定分包人的情况。在此情况下，虽然通过合同约定甚至通过签订相关的三方协议而免除了总承包人履行分包工程付款的义务，但是合同条款内没有对总承包人自行分包的分包人与指定分包人的有关合同权责做出进一步的规定。
例如，总承包人自行分包的分包人成的工期延误属于总承包人自行造成的延误、发包人不负责补偿给总承包人造成的损失，但指定分包人造成的工期延误属于发包人及总承包人均不承担责任的延误、但发包人须负责补偿给总承包人造成的损失等。由于没有此类条款的约定，合同履行中极易引致合同双方的争议，从而影响到合同的正常履行。故须注意予以补全，将各方责任和关系具体化，便于操作，避免纠纷。
六、明确规定监理工程师及双方管理人员的职责和权限
《民法通则》明确规定，企业法人对它的法定代表人及其它工作人员的经营行为承担民事责任。建设工程施工过程中，发包方、承包方、监理方参与生产管理的工程技术人员和管理人员较多，但往往职责和权限不明确或不为对方所知，由此造成双方不必要的纠纷和损失。合同中应明确列出各方派出的管理人员名单，明确其各自的职责和权限，特别应将具有变更、签证、价格确认等签认权的人员、签认范围、程序、生效条件等规定清楚，防止其他人员随意签字，给各方造成损失。
七、尽量将不可抗力条款进行量化
施工合同《通用条款》对不可抗力发生后当事人责任、义务、费用等如何划分均作了详细规定，发包人和承包人都认为不可抗力的内容就是这些了。于是，在《专用条款》上打对号或填上无约定之类的比比皆是。
国内工程在施工周期中发生战争、动乱等现象的可能性很少，较常见的是自然灾害。那么，达到什么样程度的自然灾害才能被认定为不可抗力，《通用条款》未明确，实践中双方难以形成共识，双方当事人在合同中对可能发生的风、雨、雪、地震等自然灾害的程序应予以量化。如几级以上大风、几级以上地震、持续多少天以上多少毫米的降水等，才可认定为不可抗力，以免引起不必要的纠纷。
八、运用担保条件，降低风险系数
在 签订《建设工程施工合同》时，可以运用担保，来防范或减少合同条款所带来的风险。如施工企业向业主提供履约担保的同时，业主也应该向施工企业提供工程款支付担保。
九、积极敦促发包人办理施工合同变更备案手续
黑白两套合同情况下，当合同的实质性条款发生变更，施工企业应积极敦促发包人办理合同变更备案手续。
“白合同”即在当地政府主管部门备案的合同。一些建设项目的发包人可能要求与承包人在备案合同基础上另行签订相关的补充协议，并在其中应价款、工期、质量、让利、取费等对承包人提出相对“白合同”而言更为苛刻的合同条件，以作为执行合同使用，从而构成“黑合同”。
根据最高人民法院司法解释的规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。简言之，白合同的效力高于黑合同，该司法解释为平衡建筑市场发承包双方利益、维护承包人权利提供了相关的法律依据。
施工企业在目前无力改变两套合同的现状下，应以超过发包人的热情而追求白合同的签订，而不能简单认为白合同仅用于合同备案及无所谓。当合同的实质性条款发生变更后，施工企业应积极的敦促发包人适时办理相关的合同变更备案手续。
值得说明的是，上述司法解释条款的出台已日益获得发包人的重视;发包人以节省备案费用为理由而压低备案合同价款或者在黑白合同内采用不同的计价方式等，都会给合同双方的实际履行带来很大问题。遇到此种情况，施工企业应在合同履行中时刻注意两个合同的差异，并适时做好相关的准备。
除上述九个方面外，签订合同时对材料设备采购、检验，施工现场安全管理，违约责任等条款也应充分重视，作出具体明确的约定。任何一份施工合同都难以做到十分详尽、完美，合同履行中还应根据实际情况需要及时签订补充协议、变更协议，调整各方的权利义务关系。
