我国合同法第99条、第100条规定了法定抵消与约定抵消两种情形。约定抵消纯属当事人意思自治范畴，实践中很少发生纠纷，而法定抵消自抵消通知到达时生效，不管对方是否愿意，因此，时有争执产生。审判实践中主要有以下几个问题：
一、抵消权是否受诉讼时效限制。有人认为，抵消权与其民事权利一样，均受诉讼时效的限制。笔者认为，抵消权不受诉讼时效的限制。我国诉讼时效的通说理论认为，诉讼时效的客体是请求权，在民法中，即为债的请求权，《民法通则》第135条规定，“向人民法院请求保护民事权利的时间为两年”，期间届满，权利人就丧失依诉讼程序强制义务人履行义务的权利，但权利人并未完全丧失其实体权利，只是这种实体权利变成了自然债权而已。根据债的理论，债权本身应当包含请求权、受领权、抵消权。对于受领权，我国司法实践普遍认为不应受诉讼时效限制。《民法通则解释》第171条规定，“过了诉讼时效期间，义务人履行义务后，又以超过诉讼时效为由翻悔的，不予支持”，与受领权一样，抵消权作为债权的另一种权能，并不因时效而消灭。抵消权从本质上说，属形成权，权利的实现并不依赖他人的作为或不作为，以强制力为特征的诉讼时效对其毫无意义，因此，抵消权不受诉讼时效限制。
二、超过诉讼时效的债权是否可以作为主动债权抵消
司法考试民法辅导教材无一例外地认为超过诉讼试销的债权不得作为主动债权抵消，否则无异于强迫对方履行已过诉讼时效之债务。笔者认为这种观点值得商榷。法律的基本价值取向是公平、正义、秩序，如果为了遵循法的某项具体规定而违背法的基本价值取向，显然是不合适的，不利于构建和谐的社会秩序，基于此，应当认定，超过诉讼时效的债权可以作为主动债权进行抵消。大陆法系的做法即遵循了这一规定。《日本民法典》第508条规定，“因时效而消灭的债权，如果于其消灭之前适合于抵消，其债权可以实行抵消”。我国台湾地区现行民法第337条规定，“在其时效未完成时已适合于抵消的，仍可抵消”。
三、如何处理诉讼过程中提出的抵消主张 甲、乙本是好朋友。2002年9月，乙从事房屋装修业务缺乏资金，向甲借20000元，未约定还款时间。2003年5月，乙以包工包料的方式为甲装修房子，并进行了结算，报酬及材料费为40000元，约定三个月内付清。到期后，甲以部分装修不合格为由，要求扣除3000元，否则不予付款。乙坚决不同意，声称已经甲方验收合格，计算报酬时已考虑这些因素，没有理由再扣。因双方协商不成，乙于2004年5月诉到法院，要求处理。甲在答辩期间提出乙尚欠其20000元借款，应从装修费用中抵消20000元，并向法院提供借条复印件。庭审中，甲再次向乙表示要抵消20000元借款，乙对借款事实予以承认，但不同意在本案中抵消。其理由是借款未约定还款时间，装修材料大部分是赊欠的，自己暂时无能力还款。对该案的处理有两种意见：一种意见认为，本案争议的诉讼标的是承揽合同关系，对民间借贷关系不应予以审查，建议其另行起诉;另一种意见认为，甲主张抵消实际是要吞并对方的部分诉讼请求，应以反诉的形式提出，否则不予审查。笔者认为，抵消制度设立宗旨在于节约债务履行的成本，让甲另行起诉，无疑加重了当事人的负担。而以反诉的形式进行抵消，与现行的反诉制度不符。依据通说，反诉必须与本诉存在牵连关系，是基于同一法律关系产生的请求，因此，以反诉的形式主张抵消无法律依据且不合理。既然乙承认借款事实，借款当初又未约定还款时间，则甲可随时主张还款。所以，抵消的条件成就。而且，甲又向乙表达了抵消的意思，抵消自通知到达乙时生效。此时，甲就享有债务已清偿20000元的合法抗辩权，若法院不予审查，反倒成了错案。
这是债务人对抵消主动债权无异议时的做法。假如主张抵消的债权本身存在合法的抗辩权，如同时履行抗辩权、不安抗辩权、先履行抗辩权，或者对债权本身的真实性持有异议的话，不得抵消。例如，在前案中，乙如果否认借条的真实性，法院应停止对借款事实的审查，建议另行解决。《德国民法典》也有类似的规定。该法第390条规定，“不得抵消有抗辩权与之对抗的债权”。
