隐形债务或称潜在债务，一般在改制的当时没有在改制企业财务资料中体现出来，或者说当时尚未预见到的随着后续事项的逐步明朗化而出现的或有债务，如担保债务、违约债务、产品缺陷债务、解决改制企业历史遗留问题而发生的债务(职工的经济补偿金等)、因各种原因未记入被改制企业财务资料的应付款或遗漏的其他债务。由于这些隐形债务在改制当时没有反映出来，从而导致改制事后会变得复杂化。民营企业改制中的债务问题主要表现在：
一、关于在职职工的隐形负债
这些负债也称改制成本，由于目前社会保障体制比较健全，在职职工改制成本的财务安排也基本透明。在职职工改制成本以解除劳动合同支付经济补偿金的形式支付，应在改制中一次性以现金解决。支付经济补偿金参考标准和计算方法按国家有关政策规定，资金来源是改制企业的净资产，包括原有现金、资产变现和股权出让所得现金。当然，职工获得的经济补偿金可在自愿基础上转为改制企业等值股权，以节省改制现金支出。
二、隐形债务的清查
隐形债务不同于明显债务的是评估时具有隐蔽性和复杂性，难免会影响资产评估价格。因此民营企业在改制过程中应当尽量将隐形债务明显化，减少隐形债务发生的数量，从而减少会计处理上的不确定性，具体方法就是对可能发生隐形债务的渠道进行清查，一要清查改制企业担保事项;二要清查不具备入账要求而在账外循环并既成事实的事项;三要清查合同，了解有无存在财产或权益方面的潜在债务事项。
三、隐形债务的保全处理
企业改制后发现的隐形债务并不能以企业改制转型为由，淡化或取消原企业与债权人的债权债务关系，无论采取的改制形式如何。对于改制前已经知悉并经过评估、清理但在改制方案中协商未履约的隐形债务，由改制后的公司制企业承担债务。对于改制过程中没有暴露出来的隐形债务，对于恶意串通损害债权人利益的，由原企业和改制后的公司制企业共同承担并清偿，除此之外，应由原企业在改制后的公司中的股份承担有限责任。但是需要特殊说明的是，如果企业是部分改制或是分立改制，事后发生的隐形债务则只能由母体公司承担，原因在于如果由分立出去的部分来承担，则有抽逃注册资金之嫌，当然如果母体公司承担不足的，可再由分立出去的部分在公司制企业中的股份承担。
