以划拨方式获得的土地使用权如何进行抵押相关的法条规定并不完全一致。比如《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》(以下简称《条例》)第45条规定：“符合下列条件的，经市、县人民政府土地管理部门批准，其划拨土地使用权和地上建筑物、其他附着物所有权可以转让、出租、抵押：①土地使用者为公司、企业、其他经济组织和个人；②领有国有土地使用权证，具有地上建筑物、其他附着物合法的产权证明；③依照本条例第二章的规定签订了土地使用权出让合同，向当地市、县人民政府补交土地使用权出让金或者以转让、出租、抵押所获收益抵交土地使用权出让金。”按此规定，划拨土地使用权不能直接设定抵押权，而只有在经县级以上土地管理部门将其性质转变为出让土地使用权再抵押。《城市房地产管理法》第50条规定：“设定房地产抵押权的土地使用权是以划拨方式取得的，依法拍卖该房地产后，应当从拍卖所得的价款中缴纳相当于应缴纳的土地使用权出让金的款额后，抵押权人方可优先受偿。”据此，划拨土地使用权是可以直接设定抵押权的，即先设定抵押权。只有当抵押人不能清偿到期债务时对其进行拍卖，以拍卖所得款额缴纳土地使用权出让金，即先设定抵押权，后办出让手续。由上可知，《条例》与《城市房地产管理法》关于划拨土地使用权如何进行抵押的规定是不一致的。从法律效力上说，法律的效力强于行政法规的效力，即《城市房地产管理法》的效力强于《条例》。但是就两种操作方式的实际效果而言，按照《条例》的规定进行操作更能保障国家的土地收益，而按照《城市房地产管理法》的规定进行操作则更符合市场经济发展的要求。因为从目前土地使用权的现状看，绝大部分的划拨土地使用权，如果不允许划拨土地使用权直接设定抵押权，则土地使用权抵押制度的社会功能的发挥受到极大的限制。因此，《城市房地产管理法》的规定更具灵活性，更符合土地有偿使用制度发展的要求。
对《条例》关于土地使用权抵押的规定根据《城市房地产管理法》的规定进行相应的修改，使《条例》和《城市房地产管理法》关于土地使用权抵押的规定一致起来，在法律、法规上进一步明确划拨土地使用权既可以直接设定抵押，也可以经抵押双方同意先办理土地使用权出让手续，将划拨土地使用权转为出让土地使用权后再进行抵押。
