合同“补充协议”或者称为“协议补充”，是指当事人对于合同中的内容没有约定或者约定不明确的，而达成的协议。“补充协议”是相对于已经存在的合同而言的，“协议补充”就是通过协议方式补充已经存在的合同中存在的漏洞。
《合同法》第61条规定：“合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充。”据此，只有主合同生效，因质量、价款等没有约定或者约定不明确造成履行困难的情形下，才能通过“协议补充”没有约定或者约定不明确的事项，以利于主合同的履行，从而实现当事人订立主合同的目的。
已经存在的合同与“补充协议”之间是主从关系。已经存在的合同是主合同，“补充协议”是从合同。签订合同的补充协议时，应当注意以下问题：
1、补充协议的当事人应当与原合同当事人严格一致。
2、补充协议的形式应当与原合同一样完备。
3、严格防止与原合同发生内容矛盾。
根据建设部的有关规定要求，施工合同要到建设部规定的主管部门进行备案，而补充协议作为施工合同的组成部分也应该到相应的主管部门备案。虽然建设部的规定要求并不属于法律要求，但为了尽可能的保障合同的法律效力和双方的合法权益，最好将施工合同补充协议也进行备案。
《招标投标法》第四十六条第一款规定，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
如果建设工程施工合同是通过招投标签订的，招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的补充协议，否则是无效的。
1、因补充协议签订在后，且对施工合同约定进行了变更，双方应按补充协议约定的固定单价方式进行结算。开发公司虽称补充协议系迫于政府部门、施工进度、工期、返迁等各种压力签订，但并未否认此协议真实性，亦未主张撤销，故补充协议对其仍有拘束力。
2、最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条关于“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的依据”之规定针对的是当事人在中标合同之外另行签订建设工程施工合同，以架空中标合同、规避中标行为和行政部门监管情形，而补充协议是在双方履行施工合同过程中，为解决因工程多次停工给建筑公司造成的损失而签订，只是变更了结算方式，施工合同其他工程质量、工期、项目性质等内容并未涉及，双方签订补充协议后，依然以施工合同为主要合同依据继续履行，故从性质上判断，补充协议关于结算方式变更，实质系对停工损失赔偿约定，属双方当事人在合同履行过程中经协商一致的合同变更，不属前述司法解释第21条规定的“黑白合同”情形。
总结，补充协议签订后也应备案，若内容未违背之前合同的实质性内容，就是有效的。以上是找法网小编关于建筑分包合同补充协议效力如何等问题的整理材料，希望对读者有所帮助，如果有进一步需要法律帮助的，可以咨询找法网。
