工程款结算纠纷是属于合同纠纷的一种，可以由双方当事人协商解决发，如果协商不成的可以申请仲裁或者向人民提起诉讼。
根据《中华人民共和国合同法》第一百二十八条的规定，当事人可以通过和解或者调解解决合同争议。当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。涉外合同的当事人可以根据仲裁协议向中国仲裁机构或者其他仲裁机构申请仲裁。当事人没有订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民法院起诉。当事人应当履行发生法律效力的判决、仲裁裁决、调解书；拒不履行的，对方可以请求人民法院执行。
全名为工程价款的结算，是指施工单位与建设单位之间根据双方签订合同（含补充协议）进行的工程合同价款结算。
工程结算又分为：工程定期结算、工程阶段结算、工程年终结算、工程竣工结算。
工程结算是指施工企业按照承包合同和已完工程量向建设单位（业主）办理工程价清算的经济文件。工程建设周期长，耗用资金数大，为使建筑安装企业在施工中耗用的资金及时得到补偿，需要对工程价款进行中间结算（进度款结算）、年终结算，全部工程竣工验收后应进行竣工结算。在会计科目设置中，工程结算，为建造承包商专用的会计科目。 工程结算是工程项目承包中的一项十分重要的工作。
１、工程价款结算应该按照合同约定进行办理。合同未作约定或者约定不明的，应该依照相关规定与文件协商处理。
２、当事人对合同造价有争议无法协商解决的，可以通过向人民法院提起诉讼或者申请仲裁。
３、最后也可以通过寻求警察帮助的手段解决工人恶意讨薪的问题。
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