1、有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权。所谓特殊原因，包括事实上和法律上的原因。事实上的原因，如有管辖权的人民法院遇到了不可抗力的事由，即地震、水灾等无法行使管辖权；法律上的原因，如受诉法院的审判人员，因当事人申请回避或者审判人员自行回避，无法组成合议庭对案件进行审理。出现上述情况之一的，应由上级人民法院在其辖区内，指定其他适宜的人民法院管辖。
2、因管辖权发生争议，经双方协商未能解决争议所谓争议，包括相互推诿或者相互争夺。通常是因为法院之间辖区界限不明，或者对法律的规定理解不一致，也有因地方保护主义为其局部经济利益争先立案。不论属于哪种原因引起的争议，应由双方协商解决，协商不成时应报请它们的共同上级人民法院指定管辖。根据《意见》的规定，发生管辖权争议的两个人民法院因协商不成报请它们的共同上级人民法院指定管辖时，如双方为同属一个地、市辖区的基层人民法院，由该地、市的中级人民法院及时指定管辖；同属一个省、自治区、直辖市的两个人民法院，由该省、自治区、直辖市的高级人民法院及时指定管辖；如双方为跨省、自治区、直辖市的人民法院，高级人民法院协商不成的，由最高人民法院及时指定管辖。报请上级人民法院指定管辖时，应当逐级进行。上级人民法院依照《民事诉讼法》第37条的规定指定管辖时，应书面通知报送的人民法院和被指定的人民法院。报送的人民法院接到通知后，应及时告知当事人。
指定管辖在《民事诉讼法》和《行政处罚法》中都有相应的规定。
1、《民事诉讼法》第三十七条有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权的，由上级人民法院指定管辖。人民法院之间因管辖权发生争议，由争议双方协商解决；协商解决不了的，报请它们的共同上级人民法院指定管辖。
2、《民事诉讼法》第三十八条上级人民法院有权审理下级人民法院管辖的第一审民事案件；确有必要将本院管辖的第一审民事案件交下级人民法院审理的，应当报请其上级人民法院批准。下级人民法院对它所管辖的第一审民事案件，认为需要由上级人民法院审理的，可以报请上级人民法院审理。
3、《行政处罚法》第21条规定：“对管辖发生争议的，报请共同的上一级行政机关指定管辖。”所谓发生管辖争议，是指两个以上的机关或者组织在实施某一处罚上，发生互相推诿或互相争夺管辖权等现象。
4、最高人民法院关于执行《中华人民共和国刑事诉讼法》若干问题的解释（以下简称解释），第17条两个以上同级人民法院都有权管辖的案件，由最初受理的人民法院管辖。尚未开庭审判的，在必要的时候，可以移送被告人主要犯罪地的人民法院审判。对管辖权发生争议的，应当在审限内协商解决；协商不成的，由争议的人民法院分别逐级报请共同的上一级人民法院指定管辖。
5、《解释》第18条上级人民法院在必要的时候，可以将下级人民法院管辖的案件指定其他下级人民法院管辖。
6、《解释》第19条上级人民法院指定管辖的，应当将指定管辖决定书分别送达被指定管辖的人民法院和其他有关的人民法院。=
7、《解释》第20条原受理案件的人民法院，在收到上级人民法院指定其他人民法院管辖决定书后，不再行使管辖权。对于公诉案件，应当书面通知提起公诉的人民检察院，并将全部案卷材料退回，同时书面通知当事人；对于自诉案件，应当将全部案卷材料移送被指定管辖的人民法院，并书面通知当事人。
指定管辖是指上级行政机关以决定的方式指定下一级行政机关对某一行政处罚行使管辖权。这通常是由于两个以上的行政机关对行政处罚的管辖问题发生纠纷或者因特殊情况无法行使管辖权时，才由上级机关确定由谁管辖。行政处罚法规定，对管辖发生争议的，报请共同的上一级行政机关指定管辖。
发生指定管辖的条件，通常是对行政处罚的管辖权有争议。为什么会发生管辖争议呢？这有以下几个原因：第一，行政机关职责不清，对社会生活、公共事务的管理互有交叉，因此表现在对行政违法行为的管辖上也必然是互有交叉，权责不明确，无法按职能真正落实管辖。第二，由于我国的行政处罚制度还不完备，由于行政违法活动的错综复杂、法律、法规之间规定也存在着竞合问题，因而，在实施行政处罚过程中出现对一个行政违法活动几个行政机关都有管辖权的情况也是客观存在的。第三，由于一个行政违法案件可能连续、持续或者牵连几种行政违法行为，而这些违法行为可能涉及几个地区、几个部门的行政机关，这种共同管辖问题在行政处罚实践中是不可避免的，如果各部门对谁实施管辖协商不成，也会出现管辖争议问题。第四，还必须指出，在目前行政处罚实践中，在对行政违法案件的管辖问题上，一些部门不是从国家的利益出发，而是受利益趋动，从本部门的利益出发，对自己有利的争着管，对自己不利的无人管，因而加剧了行政机关对行政违法案件互相推诿或者互相争夺管辖权的矛盾。
对于出现了管辖权争议问题，各部门应当尽量本着从国家和人民的利益出发，互谅互让，积极配合，相互支持，解决矛盾，使行政处罚工作得以有效地实施的态度，努力协商解决。必须指出，各行政机关在协商对行政违法案件的管辖权时，一定要符合法律、行政法规的规定，同时要以便于实施行政处罚，便于及时纠正行政违法行为，便于教育违法行为人为指导思想。当然，如果是因对一些法律、法规规定有不同的理解，或的确是体制上的问题无法确定应由谁来对该行政处罚案件实施管辖，应当及时报请共同的上一级机关指定管辖，以免延误对行政违法案件的处理。
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