管辖分为立案管辖和审判管辖两大类。审判管辖又分为：普通人民法院的审判管辖和专门人民法院的审判管辖。立案管辖解决的是公安机关、人民检察院和人民法院在直接受理刑事案件上的分工问题;审判管辖解决的是人民法院系统内部各级人民法院、普通人民法院与专门人民法院以及专门人民法院在审判一审刑事案件上的分工问题。
据刑诉法第十八条规定，该罪由公安机关立案管辖。然而该罪不论从犯罪的客体、客观方面，还是从主体来讲均符合职务犯罪特点，有权管理特定款物的只能是从事公务或受委托从事公务的人员。该罪在现行刑法中归入侵犯财产罪也不合理，挪用特定款物罪其实质是将特定款物挪作其他公用，侵犯的客体是国家的专款专用制度，而不是财产权，挪用特定款物罪其实质就是滥用职权、符合职务犯罪特点。事实上，由于它具有职务犯罪特点，这一犯罪往往是检察机关在查办职务犯罪中发现的，而公安机关却无从知晓、无从掌握。结果往往是掌握事实的无管辖权，有管辖权的难以掌握事实。这样在司法实践中影响了公正与效率，也不利于节约诉讼成本。为此应当将此罪纳入第八章职务犯罪中，列入检察机关立案管辖范围。
立案管辖指人民法院、人民检察院和公安机关受理刑事案件的职权范围，也就是对人民法院、人民检察院和公安机关刑事案件立案权限范围的划分。
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