自诉案件一旦决定立案，案件即进入审判程序。审判程序一般包括：庭前审查、开庭审理、合议庭评议（独任审判则为审判员决定）、宣告判决等诉讼阶段。开庭前的审查，自诉案件与公诉案件是大不相同的。首先，人民法院对公诉案件不存在不受理的问题。受理后只对人民检察院提起公诉的案件形式要件进行审查，如果认为人民检察院移送的材料中缺少某些材料，可以通知人民检察院补充材料，但都应当决定开庭审判。而自诉案件，在开庭审判前要作必要的实体审查，从而决定是否开庭审判。
因此，自诉案件的庭前审查具有程序性和实体性双重性质。自诉案件庭前审查的目的是什么?这也是人们理念上应当解决的问题。一般认为，庭前审查就是决定案件是否交付开庭审判。这从一般程序意义上讲是对的，但从刑事诉讼的根本任务上讲则没有反映问题的实质。庭前审查的目的，一是经审查对构成犯罪，需要追究刑事责任的及时交付审判，追究刑事责任；二是经审查，对确属不构成犯罪的，证据不能证明其犯罪的，法律规定免予追究刑事责任的人立即停止刑事追究（自决定立案之日起，应视为被告人已经开始受到刑事追究），终止诉讼，避免交付审判。
自诉案件进入审判程序后，是否都决定开庭审判，答案是否定的。根据刑事诉讼法第171条规定，只有对犯罪事实清楚，有足够证据的案件，才开庭审判；而对缺乏罪证，自诉人又提不出补充证据的，则说服自诉人撤回自诉或者裁定驳回。最高人民法院《关于执行<中华人民共和国刑事诉讼法>若干问题的解释》则将可以裁定驳回自诉，不提交开庭审判的情形细化规定为7种情况。但在庭前审查中发现该条规定的情况以外的其他情形怎么办?法律没作明确规定。
这种情形就是被告人的行为不构成犯罪的案件。这是现行刑事诉讼法相较于1979年刑事诉讼法有所退步的地方。1979年刑事诉讼法明确规定，庭前审查认为被告人的行为不构成犯罪的案件，应当说服自诉人撤回自诉，或者裁定驳回。1996年在对刑事诉讼法进行修正时删除了此规定，从而将被告人行为不构成犯罪案件排斥在可以裁定驳回自诉之外，意味这种情形也应开庭审判。其合理性值得质疑，其消极面大于积极面。
首先，不能要求自诉案件一旦决定立案，就必须保证所有案件在以后的庭前审查和开庭审判中均确定被告人的行为构成犯罪。也就是说不可避免地会出现立案时认为被告人的行为构成犯罪，但在立案后的庭前审查中发现不构成犯罪，不应当追究刑事责任的情况。
其次，在立案后查明被告人确实不构成犯罪的，根据刑事诉讼法第15条的精神，应当立即停止刑事追究，而不应将案件提交开庭审判，这就需要一种救济措施，而修正案抹掉了这一措施。
再次，自诉案件在开庭前审查阶段就能确定被告人行为不构成犯罪的，却仍将其交付开庭审判，即使判决宣告被告人无罪，就其被交付开庭审判而言，属于明知不能为而为，也是对其权利的侵犯。在庭前审查阶段，被告人及其辩护人亦可以此为依据提出免交审判的抗辩理由。
又次，根据法律规定，公诉案件立案后发现犯罪嫌疑人不构成犯罪的，在侦查阶段可以作出撤销案件的决定；在起诉阶段可以作出不起诉的决定，从而及早终止对无罪的人的刑事追究，避免了将无罪的人提交审判。自诉案件亦然，被告人行为不构成犯罪，应当从程序上迅速终止刑事追究。如果被告人应当承担民事责任的，当事人可以另行提起民事诉讼，但这与刑事追究是性质截然不同的两回事。
