二者的区别是明显的：
(一)二者侵害的客体不同。本罪侵害的客体是社会主义的道德风尚与公民的人身权利；而强奸罪侵害的客体是妇女的性自由权利。
(二)二者侵害的对象不同。本罪侵害的对象既可以是女性，又可以是男性；而强奸罪侵害的对象只能是女性。
(三)行为人的故意内容不同。本罪行为人的故意内容是为了获取钱财而强迫他人卖淫；强奸罪的行为人则是为了同他人发生性关系而实施暴力、胁迫等行为。
值得注意的是：如果行为人为使被害妇女从心理上消除贞操意识，而先对妇女实行强奸，然后逼其卖淫，是定强迫卖淫罪还是以强迫卖淫罪与强奸罪实行数罪并罚?对此，我国学者有不同看法。但由于刑法第358条第1款第4项已把“强奸后迫使卖淫的”明确规定为强迫卖淫的严重情节之一，故此种情况下，对行为人以强迫卖淫罪从重处罚即可。但是，如果被强奸的妇女并未被迫卖淫，则应对强奸行为以强奸罪论处。
