根据现有《城市房屋拆迁管理条例》十三条的规定，拆迁补偿方式包括货币补偿、房屋产权调换以及二者的结合。补偿方式可以完全交给被拆迁房屋的所有权人进行选择，这里面体现的仅仅是权利人对财产权实现的选择权，从这个角度来讲，可以赋予小产权房所有权人别无二致的补偿方式选择权。
对于小产权房的拆迁补偿标准，应当实行公平补偿原则，区分房屋用途是住宅用途还是商业用途，参照交易价格、周边国有土地上商品房市场价格，以市场比较法确定相应的补偿标准。
一方面应该根据其市场价和区位差价，采用城市房屋拆迁估价办法计算总体补偿范围；
另一方面应当考虑土地出让金和相关房产税费的缴纳不完全情况，参考当地农民住宅拆迁办法，对其补偿范围请求予以一定限制，将地上物补偿款、搬迁费用、区位补偿款、土地补偿款中的某几项分给小产权房所有权人，剩余项分给售房农民。
