经济适用房是政府为了解决中低收入家庭住房问题的产物，享受免交土地出让金以及减免相关税费等优惠政策，虽然已购经济适用房与商品房一样，拥有完全产权，可以直接在市场上交易，但是由于当初建造经济适用房的政策性目的在于照顾中低收入群体，所以，已购经济适用房在出售时，仍受到一定限制。
1、最重要的是对年限的限制
根据七部委联合发布的《经济适用住房管理办法》第三十条规定：购买经济适用住房不满5年，不得直接上市交易，购房人因特殊原因确需转让经济适用住房的，由政府按照原价格并考虑折旧和物价水平等因素进行回购。各地对此又分别做出更为具体的规定，以北京为例，《北京市建设委员会关于已购经济适用住房上市出售有关问题的通知》(2008.4.8，下称《通知》)规定：已购经济适用住房家庭取得契税完税凭证或房屋所有权证 满五年的，不得按市场价格上市出售，确需出售的，产权人应当向户口所在区县住房保障管理部门提出申请，由区县住房保障管理部门通过摇号等方式确定符合条件的购房人(购房人须按照有关规定，已办理经济适用住房的购买资格审核手续)，由购房人按原价购买或由区县住房保障管理部门按原价回购。可见，已购经济适用房能否上市要看其取得契税完税凭证或房屋所有权证是否满5年，也就是说，按现行政策，满5年的经济适用住房不能上市交易，原则上只能由政府回购。
2、对按原价出售已购经济适用住房的限制
以北京为例，已购经济适用住房家庭按原价出售住房的，产权人应向户口所在区县住房保障管理部门提交书面申请，并提供原购房合同、房屋所有权证、身份证、户口本等材料;区县住房保障管理部门通过摇号等方式确定购房人(购房人须按照有关规定，办理了经济适用住房的购买资格审核手续);购房人查验房屋和相关资料后，与产权人签订购房合同，支付购房款，区县住房保障管理部门登记买卖双方信息，出具相关证明;买卖双方持购房合同、区县住房保障管理部门出具的证明以及其他相关材料，向区县房屋权属登记部门申请办理房屋转移登记手续。
3、对按市场价格出售已购经济适用住房的限制
以北京为例，符合满5年条件，按市场价格出售已购经济适用住房和按市场价格出售已购商品房不同，交易双方(尤其是出卖人)须履行特殊义务，即需凭契税完税凭证、房屋所有权证、住房转让合同、身份证、户口本等材料到房屋所在地房屋管理部门办理交易、产权过户手续，产权人应按原购房价格和出售价格价差的70%补交土地收益等价款。同等价格条件下，已购经济适用住房产权人户口所在区县住房保障管理部门可以优先回购。出售价格低于市有关部门公布的同地段房屋状况基本相似的普通商品住房价格(以下简称指导价格)的，按指导价格计算价差。
需要注意的是，《通知》发布之前签订购房合同的已购经济适用住房上市出售，符合满5年条件，按市场价格出售的产权人是按出售价格的10%补交土地收益等价款。如出售价格低于地区指导价格按指导价为基数计算应补交的土地收益等。
