一、建设单位方面的原因
1、签约主体不合法。法律规定建设工程合同的主体是被批准建设工程的法人主体，而实际履行中，发包方往往以无法人资格的“筹建处”、“指挥部”、“项目部”等临时机构名义对外签订建设工程合同，致使工程的建设主体不明，造成建筑施工企业无法向真正的建设单位追索工程欠款。
2、搞边勘察、边设计、边施工的“三边”工程。施工图纸修修改改，工程量变化很大，甚至超过合同额，建设方口头承诺对工程增量不与书面确认，竣工后导致结算纠纷，这是造成拖欠工程款的一个重要原因。
3、投资不落实、资金不到位。要么超过自身资金承受能力上项目造成了工程款拖欠，要么要求承包方带资承包工程和垫款施工，转嫁投资缺口。
4、非法发包工程。发包方违反国家有关招标投标的法律、法规，不按规定进行招投标私下签约发包工程，或者将工程发包给不具有相应资质条件的承包单位，手续违法，使实际施工的单位在工程竣工后也无法追索工程款，有苦难言。
5、肢解发包工程。发包方将一个工程表面上发包给一个承包单位，暗地里又把工程分割为若干部分，指令发包给几个承包人，使整个工程建设在管理和技术上缺乏应有的统筹协调，造成施工现场秩序混乱、责任不清，导致结算纠纷，引发工程欠款。
6、利用项目公司逃避风险。我国现行法律缺乏对建设项目法人投资风险责任的约束，对项目的筹划、资金筹措、建设实施、生产经营的责任等都没有得到完全的落实，项目法人往往成了实际建设单位金蝉脱壳抵赖工程欠款的工具。
7、建设单位恶意拖欠，故意找借口，拖延工程结算。
二、建筑施工企业自身的原因
1、建筑市场供求关系严重失衡，建筑企业自我保护能力较弱。据国家统计局统计，截止2001年底全国建筑业从业人数3669万人，比1991年增加67.6%。建筑市场供过于求，导致了过度竞争甚至是恶性竞争，致使建筑企业在承接工程初期时就处于非常不利的地位，甚至陷入合同“陷阱”，难以结算工程款。
2、建筑业企业内部管理不善，造成了工期拖延、质量隐患，因而引起了合同的纠纷，导致业主拖欠工程款。
3、建筑企业不敢采用法律手段维权，担心打官司得罪业主，会造成一系列的连锁反应，影响今后在建筑市场上承接工程业务，存在打官司的时间长、成本高，耗费大量人力、财力，即使胜诉在法院执行时也有很大难度等顾虑，导致工程欠款久拖不决。
3、非法转包。非法转包，一方面形成“层层转包、层层扒皮”的现象，导致严重偷工减料，造成重大质量事故。另一方面使实际施工人直接追索工程款困难重重。
4、非法挂靠。是指挂靠人利用被挂靠单位的名义与建设单位签订建设工程承包合同，并向被挂靠单位缴纳一定比例管理费的行为。挂靠的企业一般管理不规范，投机行为盛行，甚至套取工程款后，给被挂靠企业扔下一个烂摊子。而被挂靠企业根本没有施工资料，无法与建设单位结算，导致工程款纠纷。
5、违法分包。施工过程中总承包单位将其承包的某一部分工程或某几部分工程，发包给不具有营业执照和相应资质条件的其他承包人，分包单位将其承包的工程再分包给他人。违法分包极易导致工程质量纠纷，引发工程款结算纠纷。
6、工程量争议产生纠纷。建筑工程的工程量之争主要集中在合同生效后洽商变更增加的工程量上，发生争议的原因往往是由于施工方未就上述工程量取得发包方的签字确认，而仅凭自己单方的施工记录要求进行结算，发包方不与认可，发生纠纷。
7、违约责任不清产生纠纷。在建设工程合同纠纷中，经常会出现承包方的逾期竣工，实际上有好多时候是由于发包方的原因导致，但缺少证据的收集，结算时违约责任扯皮，造成建设工程合同结算纠纷。
