债权凭证制度的出台曾一度被认为是医治“执行难”的良方，但是由于它存在本质上的缺陷，它的弊端在实施不长时间内就暴露出来，主要体现在实体上、程序上和社会效果三方面上，具体如下：
1、实体上存在两项弊端
(1)债权凭证制度缺乏法律和理论依据。不管是《中华人民共和国民事诉讼法》还是《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定(试行)》均无债权凭证的规定或有关精神。债权凭证制度是一种案件终结执行的制度。
同样债权凭证亦缺乏理论依据。我国民诉法关于法律文书的称谓有着严格的界定，各种法律文书都有特定的含义。判决书解决实体问题，裁定书解决程序问题，决定书解决其它问题。债权凭证的出现从理论上打乱了法律文书的体系，使法律文书的内涵出现混乱。有一种意见认为债权凭证的性质属公证文书，但法院作为公证文书的发放主体更是值得怀疑。因此债权凭证亦没有理论根据。
(2)债权凭证剥夺了当事人依法享有主张利息的权利。
2、程序上存在两项缺陷
(1)债权凭证的发放缺乏应有的程序。
(2)执行期限自相矛盾。首先，实行债权凭证的重要目的就是要提高执行效率，但债权凭证制度规定债权凭证的发放条件之一是执行期限届满，人为降低执行效率。其次，我国执行法律要求执行案件必须在执行期限届满前执行完毕，而债权凭证却要求等到执行期限届满后再行发放。债权凭证制度的实施严重违反执行期限。
3、债权凭证制度的实施产生了不良的社会效果，表现在三方面：
(1)债权凭证没有改变人们对法院出具“法律白条”的认识。
(2)债权凭证的实施增加了法院的工作量。
(3)债权凭证的实施增加诉讼成本。
