目前，由于集体土地上房屋拆迁同土地征用一并进行，所以房屋的拆迁补偿方案也同土地补偿方案同时制定。而补偿方案是由征地方制定，报政府批准，因补偿方案引起的纠纷，只能通过行政诉讼解决。笔者认为，这只适用于解决国家基于公共利益的需要而实施的集体土地征用和房屋拆迁，正如前述所分析，对于基于商业开发之目的实施的征地拆迁补偿应直接适用民事法律规范进行调整。同时在国家基于公益的征地拆迁中，由于在补偿方案确定之后，补偿协议大多是由集体经济组织与征地方签订，房屋所有人不参与签订协议，形成房屋所有权人和征地方无拆迁补偿协议。那么发生纠纷时，房屋所有权人能否以自己的名义就补偿方案中的补偿数额、安置方式等问题提起民事诉讼?从协议本身来说，房屋所有权人不是签订协议的一方，不能以自己名义提起诉讼，但从财产所有权法律关系来讲，房屋所有权人应当享有诉权。
目前，人民法院对房屋所有人以自己名义起诉主张权利时，往往又以其不是协议一方当事人而不予受理或裁定驳回起诉，导致房屋所有权人的权利得不到及时保护。笔者认为，集体土地上房屋拆迁是一种社会活动，在这个活动中独立享有权利和承担义务的公民、法人是这一法律关系的主体，同时，集体土地上房屋所有人对其所有权的享有是排他的，所从法理上讲，对房屋的处分，只能由房屋所有权人行使，其他任何单位和个人均无权处分，房屋拆迁实质上是拆迁人将被拆迁人的房屋折价购买，是一种民事行为，应由房屋所有权人和拆迁人协商一致达成协议，集体经济组织与征地单位签订协议的行为，只能认定为一种代理行为，如无房屋所有人授权，其签订的协议应为无效。所以房屋所有权人以自己名义就拆迁补偿协议提起的民事诉讼，人民法院应当受理。
在当前现实中，拆迁人为了使拆迁顺利进行，往往借助政府权力，将补偿的事宜交给政府处理，关于补偿费的支付也由政府代付，一旦发生纠纷，也存在诉讼主体的确定问题，在此情况下，笔者认为应区分不同情况，如果拆迁单位将补偿款已支付给政府，此时政府就应履行代付补偿款的义务，属民事法律关系，被拆迁人可以政府为被告提起诉讼;如果拆迁单位未按拆迁补偿协议将补偿费支付被拆迁人，也未支付给政府，被拆迁人可以拆迁人为被告提起民事诉讼;如果拆迁协议是政府与被拆迁人签订的，被拆迁人则可以政府为被告，以拆迁人为第三人提起民事诉讼。
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