一是适用的法律程序不同。国家建设征收土地适用《土地管理法》及其配套法规中关于国家建设征收土地的规定；城市房屋拆迁适用《城市房屋拆迁条例》的规定。
二是适用范围不同。国家建设征收土地的适用范围是农村集体所有的土地；城市房屋拆迁的适用范围是城市规划区内的国有土地。
三是行为所指向的标的不同。国家建设征收土地指向的标的是农村集体土地所有权；城市房屋拆迁指向的标的是房屋。
四是法律后果不同。国家建设征收土地导致的法律后果是农村集体土地所有权的消灭；城市房屋拆迁导致的法律后果是被拆迁房屋所有权的消灭以及房屋产权的等价调整或者价值的交换。
很显然，征收土地与房屋拆迁是不同的行政管理行为，依法分别由负有相应职能的行政机关行使管理权。依照《城市房地产管理法》第六十二条的规定，某些地方由一个机关统一负责土地管理和房产管理（或者房屋拆迁管理）工作的，该机关可以依法分别行使该两项职权，遵循相应的法律程序对征收土地和房屋拆迁实施行政管理。依法行政体现在每个具体行政行为上首先应该是依法定程序行政。只有通过程序正义，才能达到结果正义，只有实现程序的公正，才能体现结果的公正。按照依法行政关于职权法定的原则和行政行为应当符合法定程序的要求，征收土地的行政管理职权和房屋拆迁的行政管理职权不能混淆；组织实施征收土地的法律程序和组织实施房屋拆迁的法律程序在具体操作中不能串用。
但遗憾的是，相当一段时期以来，个别地方的有关行政机关特别是集土地行政管理和房屋行政管理职能于一身的个别行政机关，依法行政意识相对薄弱、缺乏行政行为应当遵循程序至上的理念，看不到程序公正必将直接影响结果公正的重要性，从而忽视了严格的程序对具体行政行为的规范作用，以至于在相关管理工作中常习惯性地、想当然地将征收土地的行政管理职权和房屋拆迁的行政管理职权混淆在一起，进而将组织实施征收土地的法律程序和组织实施房屋拆迁的法律程序串绕在一起，在对征收土地实施行政管理时擅自加入了房屋拆迁程序，为日后的工作埋下了隐患。如有的案例表现为既发布征收土地公告，又发布房屋拆迁公告，确定拆迁人和被拆迁人；有的既制定征地补偿安置方案，又让所谓的“拆迁人”与被征地范围内的房屋产权人签定拆迁补偿安置协议；有的既以阻挠国家建设征收土地为由对拒不交出土地者发出责令交出土地决定书，又组织有关机关对拒不交出土地者的房屋实施强制拆除；有的以国家建设征收土地为由组织材料报请有权的政府批准征地后，又在具体实施中按照房屋拆迁程序组织拆迁。
如此种种做法，既行使了征收土地的行政管理权又行使了房屋拆迁的行政管理权；既适用了征收土地的法律程序又适用了房屋拆迁的法律程序。结果是既没有正确行使征收土地的行政管理权，又没有正确行使房屋拆迁的行政管理权；既没有正确适用征收土地的法律程序，又没有正确适用房屋拆迁的法律程序。致使具体行政行为非驴非马，很不规范，既像是征收土地的行政管理行为又像是房屋拆迁的行政管理行为；既不完全是征收土地的行政管理行为又不完全是房屋拆迁的行政管理行为。如此操作，由于存在行政行为不符合法定程序规定和适用范围错位等瑕疵，一旦引起行政纠纷，往往经不起行政复议审查或者司法审查。
