关于强制搬迁：取消行政强制拆迁
二次征求意见稿规定，由政府申请法院强制执行，取消了行政强制拆迁。这样规定，有利于加强对基层政府征收补偿活动的制约，有利于减少在房屋征收与补偿中的矛盾。
关于补偿：不得低于市场价格
二次征求意见稿明确规定，“对被征收房屋价值的补偿金额，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。被征收房屋的价值，由具有相应资质的房地产价格评估机构，按照房屋征收评估办法评估确定。”“对评估确定的价值有异议的，可以向房地产价格评估机构申请复核评估。对复核结果有异议的，可以向房地产价格评估专家委员会申请鉴定。”“房屋征收评估办法，由国务院住房城乡建设主管部门制定，制定过程中，应当向社会公开征求意见。”还规定房地产价格评估机构由被征收人选定，被征收人选定评估机构的具体办法由市、县级人民政府规定。
二次征求意见稿规定，征收个人住宅，被征收人符合住房保障条件的，政府应当优先给予住房保障。就是说，政府对符合住房保障条件的被征收人除给予补偿外，还应优先安排被征收人享受住房保障，使其不再等待轮候保障房。
此外，二次征求意见稿还对“回迁”进一步作了明确，规定因旧城区改建征收个人住宅，被征收人选择在改建地段进行房屋产权调换的，政府应当提供改建地段或者就近地段的房屋。
二次征求意见稿将“适当补偿”修改为根据房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素确定停产停业损失的补偿，具体办法由市、县级人民政府规定。
关于违建：不予补偿
二次征求意见稿规定，政府在作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依照法律、法规对征收范围内未经依法登记的建筑予以认定、处理。处理后确认为违法建筑的，不予补偿。
关于征收范围
二次征求意见稿规定建设项目都应当符合国民经济和社会发展规划、土地利用总体规划、城乡规划和专项规划，并明确因政府组织实施的能源、交通、水利以及教科文卫体、资源环保、防灾减灾、社会福利、市政公用等公共事业以及国家机关办公用房建设需要可以实行房屋征收。保障性安居工程建设和旧城区改建应当纳入市、县级国民经济和社会发展年度计划，经市、县级人民代表大会审议通过。
关于征收程序：公开、公正
二次征求意见稿规定，房屋征收部门拟定房屋征收范围、征收补偿方案，报市、县级人民政府。市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当按照有关规定进行风险评估，组织有关部门和专家论证，并将房屋征收范围、征收补偿方案予以公布征求意见。房屋征收部门应当根据被征收人意见，对房屋征收范围、征收补偿方案进行修改，并报市、县级人民政府。市、县级人民政府作出涉及被征收人数量较多的房屋征收决定，须经政府常务会议讨论决定。政府应当将房屋征收决定及时公告。将征求意见稿有关危旧房改造需经90%被征收人同意和补偿方案需征得三分之二以上被征收人的同意、补偿协议签约率达到三分之二以上的方可生效的规定，修改为保障性安居工程建设和旧城区改建应当纳入市、县级国民经济和社会发展年度计划，经市、县级人民代表大会审议通过。
为了保证程序公开、公正和补偿到位，二次征求意见稿还规定，房屋征收部门应当将被征收房屋的调查结果和分户补偿情况在房屋征收范围内向全体被征收人公布。达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请政府作出补偿决定。申请人民法院强制执行前，房屋征收部门应当按照补偿决定，对被征收人先予货币补偿或者提供产权调换房屋、周转用房。
为了给被征收人提供充分的行政救济和司法救济途径，二次征求意见稿同时规定，被征收人对征收决定和补偿决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议规定的义务的，另一方当事人可以依法向人民法院提起诉讼。
为了加强对房屋征收与补偿行为的监督，二次征求意见稿还明确，上级政府应当加强对下级政府工作的监督，国务院和省、自治区、直辖市人民政府住房城乡建设主管部门应当会同同级财政、国土资源等有关部门加强指导。监察机关应当加强对政府和有关部门或者机构及其工作人员的监察。审计机关应当加强对征收补偿费用的管理和使用情况的监督，并公布审计结果。
关于房屋征收实施机构：政府是征收补偿主体
二次征求意见稿在征求意见稿规定政府是征收补偿主体、取消建设单位拆迁的基础上，进一步明确，房屋征收部门可以委托房屋征收实施机构，承担房屋征收与补偿的具体工作。房屋征收实施机构不得以营利为目的。房屋征收部门对房屋征收实施机构实施房屋征收与补偿的行为应当负责监督，并对该行为的后果承担法律责任。禁止建设单位参与搬迁活动，任何单位和个人都不得采取暴力、胁迫以及中断供水、供热、供气、供电和道路通行等非法方式迫使被征收人搬迁。
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