劳务派遣企业支付工资时，其扣税方式需遵循企业所得税法的相关规定：
1.具体来说，用工企业在支付劳务派遣用工的工资时，应明确区分工资薪金支出和职工福利费支出，并按照企业所得税法的规定进行税前扣除。
2.这一过程中，用工企业需提供与劳务派遣企业签订的劳务派遣用工合同或协议、劳务费发票等相关资料，以确保扣税的合规性。
3.在扣税时，用工单位需依据劳务派遣合同或协议，以及劳务派遣单位开具的劳务发票及附列清单上列明的工资薪金、职工福利费、社会保险费等金额进行税前扣除。
找法网提醒，关于劳务派遣工资的税前扣除，有以下几项规定：
1.劳务派遣用工单位向劳务派遣单位支付劳务费用时，应严格按照劳务派遣合同或协议，以及劳务发票上列明的各项费用进行税前扣除。这包括工资薪金、职工福利费、社会保险费等。
2.若劳务派遣用工单位除向劳务派遣单位支付劳务费用外，还额外支付给予劳务派遣单位派遣员工的费用，作为劳务派遣用工单位的工资薪金、职工福利费等费用在税前扣除。
3.劳务派遣用工单位为劳务派遣单位派遣员工所负担的所有工资薪金支出额，均可计入劳务派遣用工单位工资总额的基数，作为计算职工福利费等各项费用扣除的计算基数。
需要注意的是，劳务派遣用工单位为劳务派遣单位派遣员工所负担的工资薪金、职工福利、社会保险等支出，不得在劳务派遣单位重复扣除，以避免税务风险。
在劳务派遣工资扣税的实务操作中，以下是一些具体的建议：
1.最简单的实务处理方法是，用工单位在合同中约定由劳务派遣公司发放工资，并由劳务派遣公司开具劳务费发票给用工单位进行税前扣除。
2.用工单位在支付劳务派遣费用时，应仔细核对劳务发票及附列清单上的各项费用，确保与劳务派遣合同或协议中的约定一致。同时，用工单位还应保留好相关凭证，以备税务部门核查。
3.在处理劳务派遣员工的工资薪金、职工福利费等费用时，用工单位应严格按照税法规定进行税前扣除，并避免在劳务派遣单位重复扣除。
