在处理土地确权纠纷时，应首先明确争议的性质和范围。
1.对于村集体所有权有争议的，应以国土部门集体土地所有权确权登记发证工作成果为依据，先由国土部门明确土地所有权，再按照相关程序对所涉及土地的承包经营权进行登记。
2.若存在承包经营纠纷，应由村农村土地承包经营权确权登记颁证工作实施小组提出处理意见协调解决，协调不成可通过仲裁、诉讼等法定程序依法解决。
3.对于土地经统一规划整理的情况，应按照土地整理或流转前的承包关系进行登记，如无法重新丈量分配，也可采用“确股不确地”的方式进行确权登记。
4.在处理土地确权纠纷时，应注重维护农民合法权益，确保土地权益得到公正、合法的保障。同时，各级政府和相关部门应加强沟通协调，形成合力，共同推动土地确权工作的顺利进行。
对于土地确权纠纷的处理方式，主要包括以下几种：
1.协商解决是首选方式。当发生土地确权纠纷时，当事人双方应首先通过友好协商，寻求解决方案。如果双方能够达成一致意见，那么纠纷就可以得到妥善解决。
2.调解也是一种有效的处理方式。如果双方协商无果，可以向当地政府或有关部门申请调解。调解机构会组织双方进行调解，帮助双方化解矛盾，达成和解协议。
3.仲裁和诉讼也是解决土地确权纠纷的法定途径。
（1）如果双方无法通过协商和调解解决纠纷，可以向仲裁机构申请仲裁，或者直接向人民法院提起诉讼。
（2）仲裁机构和人民法院会依据相关法律法规，对纠纷进行公正、公平的裁决。
4.在处理确权纠纷时，应尊重历史、照顾现实、注重证据、依法办事。
（1）对于历史遗留问题，应根据实际情况妥善处理；
（2）对于现实情况复杂、证据不足的纠纷，应深入调查、仔细分析，确保处理结果公正合理。
根据相关政策规定，新颁发的土地承包经营权证书的工本费及相关费用应由各级人民政府列入财政预算，不得向农户收取。
1.在实际操作中，各级政府和相关部门应严格按照政策要求执行，确保不向农户收取任何费用。同时，应加强监督和管理，防止个别部门或人员违规收费、损害农民利益的情况发生。
2.对于土地确权工作中涉及的其他费用，如测绘费、调查费等，也应由相关部门承担，确保农民在土地确权过程中不承担任何额外费用。
总之，土地确权费用的承担应遵循相关政策规定，确保农民在土地确权过程中不承担任何费用，减轻农民负担，促进农村经济的稳定发展。
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