与公司有关的纠纷案由主要包括以下几类：
1.股权纠纷：涉及股东之间的股权确认、转让、出资等问题。
2.公司治理纠纷：比如股东要求查阅公司账簿、股东会决议无效或撤销等。
3.合同纠纷：公司与其他个人或企业之间因买卖合同、租赁合同、借款合同等产生的争议。
4.知识产权纠纷：涉及公司商标、专利、著作权等知识产权的侵权、归属等问题。
5.劳动雇佣纠纷：员工与公司之间的工资、福利待遇、解雇等劳动争议。
6.破产纠纷：公司在破产过程中与债权人、债务人之间的权益争议。
7.解散与清算纠纷：公司因各种原因需要解散或清算时产生的纠纷。
公司股权纠纷的处理方式主要包括以下几种：
1.协商：在纠纷发生初期，各方应以积极的态度进行协商，并试图通过平等和谈判的方式解决纠纷。这通常是解决纠纷最快捷、成本最低的方式。
2.调解：如果协商无法解决纠纷，股东可以选择将纠纷提交给有关组织进行调解。这些组织可以是行业协会、调解中心或第三方调解机构等。调解可以提供一个中立的平台，帮助各方达成和解。
3.仲裁：如果各方在签订合同时已经设立了明确的仲裁条款，或是另有书面约定采用仲裁方式解决纷争的，那么就可以向仲裁机构提出申请，由其依法作出裁决。仲裁裁决具有法律约束力，双方应当遵守。
4.诉讼：股东可以直接选择将纠纷提交给法院解决。诉讼程序通常会耗时较长，但法院的裁决具有强制力，可以有效地解决纠纷。
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二十六条，因公司设立、确认股东资格、分配利润、解散等纠纷提起的诉讼，由公司住所地人民法院管辖。
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