员工擅自离职的情况下，公司不可以扣工资。
1.根据《劳动合同法》的规定，用人单位应当按照合同约定及时足额支付工资。
2.在员工不辞而别的情况下，尽管员工未提前通知或未办理离职手续，但劳动者已提供的劳动部分对应的报酬仍应得到保障，不应被非法克扣。
3.用人单位在员工擅自离职后，应首先积极与员工取得联系，了解离职的真实原因，并依法履行通知解除劳动关系的程序。
违法扣工资的行为将承担相应的法律责任。
1.根据《劳动合同法》及其他相关法律规定，用人单位非法克扣工资或拖延支付的，将面临罚款、赔偿损失等法律责任。
2.违法扣工资的行为还可能影响用人单位的声誉和信誉，降低员工对单位的信任度，甚至引发劳动争议和纠纷。
因此，用人单位应当严格遵守法律规定，确保按时足额支付工资，维护员工的合法权益。
面对员工不辞而别的情况，用人单位应按照以下步骤进行处理：
1.及时了解员工离职的真实原因。这有助于单位了解员工离职的动机和背景，为后续处理提供依据。
2.积极履行通知解除劳动关系的程序。用人单位应依法向员工发出解除劳动关系的通知，明确双方的权利和义务。
3.确保员工已提供劳动部分对应报酬的支付。在员工离职后，单位应及时结算并支付员工已提供劳动部分的工资，不得因员工离职而扣减工资。
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