当自然人选择以固定资产进行投资入股时，他们应当缴纳的税种主要包括所得税。
根据《国家税务总局关于房地产开发业务征收企业所得税问题的通知》（国税发［2006］31号）的规定，将开发产品转作固定资产或用于对外投资等行为，应视同销售，于开发产品所有权或使用权转移时确认收入（或利润）的实现。
因此，自然人在将固定资产转作投资时，应视同销售并缴纳相应的所得税。
在固定资产投资入股的过程中，涉及的税种主要有以下几种：
1.所得税：
根据《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发［2000］118号）的规定，企业以经营活动的部分非货币性资产对外投资，应在投资交易发生时，将其分解为按公允价值销售有关非货币性资产和投资两项经济业务进行所得税处理，并按规定计算确认资产转让所得或损失。
因此，自然人以固定资产投资入股时，需要缴纳相应的所得税。
2.土地增值税：
根据《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字［1995］048号）的规定，对于以房地产进行投资，联营的，投资，联营的一方以土地（房地产）作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资，联营的企业中时，暂免征收土地增值税。
因此，在以房地产投资入股的情况下，暂免征收土地增值税。
需要注意的是，以上规定仅适用于一般情况下的固定资产投资入股。具体的税务处理还需根据具体的法律法规以及税务部门的解释和指导来确定。
1.在选择固定资产投资入股的方式时，企业应综合考虑各种因素，包括税务因素、资金成本、投资风险等，以选择最优的投资方式。
2.根据前述分析，直接外购固定资产是一种较为优惠的投资方式。这种方式既可以享受企业所得税前一次性扣除的优惠，又可以按会计准则计算的每年折旧加计扣除。
3.直接外购方式下，企业所需的投资资金量最小，且在企业投资报酬率越高时对企业越有利。
因此，在条件允许的情况下，企业应优先考虑采用直接外购的方式进行固定资产投资入股。当然，具体的投资方式选择还需根据企业的实际情况和具体需求来确定。
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