股权转让协议确实存在时效规定。当因股权转让协议产生纠纷时，诉讼的时效为三年。而针对股权收购协议产生的纠纷，起诉的时效为股东会会议决议通过之日起九十日内。
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，在权利人知道或应当知道其权利受到损害，以及义务人之日起的三年内，可以向人民法院提起诉讼。
需要注意的是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院将不再保护；然而，如有特殊情况，人民法院可以根据权利人的申请决定延长诉讼时效。
股权转让协议的时效规定，不仅仅在《中华人民共和国民法典》中有所体现，还在《中华人民共和国公司法》中有明确的规定。
例如，《中华人民共和国公司法》第七十四条明确指出，在特定情况下，对股东会决议投反对票的股东可以要求公司按合理价格收购其股权。
当股东与公司无法达成股权收购协议时，股东可以在股东会会议决议通过之日起九十日内向人民法院提起诉讼。这一规定为股权收购协议的诉讼时效提供了明确的法律依据。
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