土地承包经营权证的办理遵循一定的程序。
1.在土地承包合同生效后，发包方应在30个工作日内将土地承包方案、承包方及承包土地的详细信息、土地承包合同等材料一式两份报送给乡（镇）人民政府农村经营管理部门。
2.乡（镇）人民政府农村经营管理部门会对这些材料进行初审，若材料符合规定，会及时登记造册，并向县级以上地方人民政府提出颁发农村土地承包经营权证的书面申请。
若材料不符合规定，则需要在15个工作日内补正。
3.县级以上地方人民政府农政主管部门会对乡（镇）人民政府报送的申请材料进行审核。
（1）若申请材料符合规定，会编制农村土地承包经营权证登记簿，并报同级人民政府颁发农村土地承包经营权证；
（2）若申请材料不符合规定，则会书面通知乡（镇）人民政府补正。
4.乡（镇）人民政府农村经营管理部门在领取农村土地承包经营权证后，应在30个工作日内将证书发给承包方。需要注意的是，发包方不得为承包方保存农村土地承包经营权证。
5.《农村土地承包法》第二十四条明确规定，国家对耕地、林地和草地等实行统一登记，登记机构应当向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。
6.土地承包经营权证或者林权证等证书应当将具有土地承包经营权的全部家庭成员列入。登记机构除按规定收取证书工本费外，不得收取其他费用。
在承包期内，如果发生以下几种情况，农村土地承包经营权证将被依法收回：
1.如果承包方全家在承包期内迁入设区的市，并转为非农业户口，那么其土地承包经营权证将被收回。
2.如果承包方在承包期内提出书面申请，自愿放弃全部承包土地，那么其土地承包经营权证也将被收回。
3.如果承包土地被依法征用、占用，导致农村土地承包经营权全部散失，那么相应的土地承包经营权证也会被收回。
4.还有其他一些法律规定的情形，也可能导致土地承包经营权证被收回。
如果土地确权证遗失了，承包方可以持相关证件资料到有关部门补办。具体的补办流程如下：
1.承包方需要准备本人申请书、在县市级以上电视台或地市级以上报刊发布的公告或声明的相关手续、原“换发农村土地承包经营权证申请表”的复印件以及乡经管中心重新填写并编码等证件资料。
2.然后，承包方需要将这些证件资料提交给相关部门进行补办申请。
在补办过程中，承包方需要遵守《中华人民共和国土地管理法》第十四条的规定，即：
（1）土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；
（2）协商不成的，由人民政府处理;
（3）单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；
（4）个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
3.如果承包方对有关人民政府的处理决定不服，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
4.在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
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