当事人对法院管辖权有异议的处理方法是：
可以在提交答辩状期间向受理案件的人民法院提出管辖权异议，人民法院对当事人提出的管辖权权益应当予以审查，如果是经过审查之后认为异议成立的，那么应当裁定将案件移送给有管辖权的人民法院，异议不成立的，则裁定驳回。
对于确有正当理由未能在答辩期间提出管辖异议的，允许当事人在障碍消除后10日内申请顺延期限。
如果被告既没有在答辩期内就管辖权提出异议，又没有导致其未能在答辩期内提出管辖权异议的正当理由。则他按传票上所记明的时间参加诉讼，应当认为是以行为默示接受受诉法院管辖。
找法网提醒您，提管辖权异议时间为收到起诉状副本之日起15日内。如果当事人在15日内不提出管辖权异议，或者以书面、口头形式表示接受法院管辖的，就认为是当事人自动放弃了对管辖权提出异议的权利，就无权再提出这种请求了。
1.避免地方司法保护：当事人担心地方司法保护，偏向选择在自己的住所地或经常居住地进行诉讼。尤其是在家事案件中，各地的风俗习惯也会对法官裁量造成一定的影响。
2.降低异地诉讼成本：异地诉讼会造成诉讼成本的增加，包括往返的时间成本、金钱成本等。出于降低诉讼成本的考虑，案件当事人会申请管辖权异议。
3.有助于程序性裁判体系的轨道：程序性裁判与实体性裁判相对而言，是指司法机构针对诉讼过程中发生的程序上争议进行裁决的活动。通过当事人对法院裁判特定案件的质疑，以及相关裁判机制的运作，法院的管辖权才能得以更加准确的确定。
