招标两次流标可以重新招标，此时可采用工程招标和招标采购法。
依法必须进行施工招标的项目提交投标文件的投标人少于三个的，招标人在分析招标失败的原因并采取相应措施后，应当依法重新招标。重新招标后投标人仍少于三个的，属于必须审批、核准的工程建设项目，报经原审批、核准部门审批、核准后可以不再进行招标;其他工程建设项目，招标人可自行决定不再进行招标。
流标后招标代理公司应该直接退还投标保证金。招标人最迟应当在与中标人签订合同后五日内，向中标人和未中标的投标人退还投标保证金及银行同期存款利息。
找法网提醒您，根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十一条，招标人终止招标的，应当及时发布公告，或者以书面形式通知被邀请的或者已经获取资格预审文件、招标文件的潜在投标人。
已经发售资格预审文件、招标文件或者已经收取投标保证金的，招标人应当及时退还所收取的资格预审文件、招标文件的费用，以及所收取的投标保证金及银行同期存款利息。
招标代理费与招标的次数是没有关系的，具体的费用按照招标代理合同里的费用支付就行。招标代理费是一次性的，而且按照代理合同支付，而且如果是规定中标人支付，必须提前通告，保证投标人接受该条款，否则合同无效。
