中小股东的利益的保护方法是：
1.公司应当通完善股东大会制度、中小股东的利益如何保护、规定大股东的诚信义等方式保护；
2.中小股东应当通过积极行使相关的小股东权利，促进公司进行相应的制度设立、更改、完善；
3.其他方式。
《中华人民共和国公司法》第一百五十一条
董事、高级管理人员有本法第一百四十九条规定的情形的，有限责任公司的股东、股份有限公司连续一百八十日以上单独或者合计持有公司百分之一以上股份的股东，可以书面请求监事会或者不设监事会的有限责任公司的监事向人民法院提起诉讼；监事有本法第一百四十九条规定的情形的，前述股东可以书面请求董事会或者不设董事会的有限责任公司的执行董事向人民法院提起诉讼。
他人侵犯公司合法权益，给公司造成损失的，本条第一款规定的股东可以依照前两款的规定向人民法院提起诉讼。
找法网提醒您，中小股东的权益主要包括资产收益权、知情权、参与决策权、选择管理者权、监督管理者权、优先受让权、认购新股权、退股权。经股东同意转让的出资，在同等条件下，其他股东对该出资有优先购买权。
《公司法》第四条
公司股东依法享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利。
中小股东权益受侵害时维权的办法：
1.依法行使知情权、表决权、转让股权、优先购买；
2.出现法定情形时，赋予中小股东直接起诉，或代为诉讼的权利；
3.中小股东权益受侵害时维权的其他办法。
