合作合同违约赔偿的规定依据是：当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。违约金应当按照不能低于造成的损失，同时不能过分高于造成损失的标准支付。
法律依据
《民法典》第五百八十五条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
合作协议里面违约金适用诉讼时效的规定，权利人需要在三年内进行主张。
找法网提醒您，《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
违约金可以税前扣除，相关规定如下：
1.合同违约金是可以税前扣除的；
2.企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额；
3.合同违约金基于合同未按约定实现或者未实现，是合同双方约定的惩罚性赔偿或补偿性赔偿；
4.其他。
