国家行政赔偿的程序如下：
1.当事人提出申请赔偿与法院进行受理立案；
2.法院相关部门进行审理审查；
3.法院对负有行政赔偿的行政机关负责赔偿；
4.负有赔偿的行政机关负责赔偿决定的执行。
申请行政赔偿的方式有：
1.支付赔偿金。
这是我国国家承担赔偿责任的主要方式，国家赔偿责任在多数情况下以支付赔偿金的方式进行。
2.返还财产。
返还财产指赔偿义务机关将非法占有的财物归还给合法占有人以回复到权利人合法占有状态的一种赔偿责任承担形式。
《国家赔偿法》第三十二条
国家赔偿以支付赔偿金为主要方式。
能够返还财产或者恢复原状的，予以返还财产或者恢复原状。
第三十三条
侵犯公民人身自由的，每日赔偿金按照国家上年度职工日平均工资计算。
找法网提醒您，行政赔偿诉讼时效是俩年。自国家机关及其工作人员行使职权时的行为被依法确认为违法之日起计算，但被羁押期间不计算在内。赔偿请求人在赔偿请求时效的最后六个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，时效中止。从中止时效的原因消除之日起，赔偿请求时效期间继续计算。
《中华人民共和国国家赔偿法》第三十九条赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年，自其知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日起计算，但被羁押等限制人身自由期间不计算在内。在申请行政复议或者提起行政诉讼时一并提出赔偿请求的，适用行政复议法、行政诉讼法有关时效的规定。
赔偿请求人在赔偿请求时效的最后六个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，时效中止。从中止时效的原因消除之日起，赔偿请求时效期间继续计算。
