耕地建厂房需要的证件：登记申请书、企业营业执照、土地使用权证（用地批复等）、建设工程规划许可证、建设工程施工许可证、工程已竣工证明等。也就是按照土地、规划、施工、竣工这个流程提供登记材料。
耕地建厂房需要的手续：
1.首先申请人应该是农村户口，且没有宅基地；
2.其次先向村委会申请，经村里同意后确定初步选址意见（要符合村镇规划，符合土地利用总体规划）；
3.再次报乡（镇）人民政府审核；
4.第四经县国土部门同意后，报由县级人民政府批准。
找法网提醒您，耕地建厂房没有合法手续的必须拆除，属于违章建筑行为。非农业建设必须节约使用土地，可以利用荒地的，不得占用耕地；可以利用劣地的，不得占用好地。禁止占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等。
建房占用耕地可以向县级以上人民政府自然资源主管部门举报。国家保护耕地，严格控制耕地转为非耕地。占用耕地建房应由政府部门责令退还非法占用的土地，限期改正治理并限期拆除。
《土地管理法》第七十五条
违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第八十三条
依照本法规定，责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施的，建设单位或者个人必须立即停止施工，自行拆除；对继续施工的，作出处罚决定的机关有权制止。建设单位或者个人对责令限期拆除的行政处罚决定不服的，可以在接到责令限期拆除决定之日起十五日内，向人民法院起诉；期满不起诉又不自行拆除的，由作出处罚决定的机关依法申请人民法院强制执行，费用由违法者承担。
